私もそうですが、たいていの人はローマ字入力だと思います。たしか「将来英語の仕事とかするときに便利だから」とかいう理由もあって、私はローマ字入力にしたような気がします。
が、かな入力をしている知人に理由を聞きました。それは、「ローマ字入力だと、いちいちローマ字に変換することになって、日本語で行っている自分の思考が中断される（あるいは、とどこおる）から」というような理由でした。（その人は、趣味でモノ書きもしてる人です。）
なるほどです。まったくその通りだと思いました。自分の頭の中でもローマ字変換で考えているわけじゃないですからね。
自分ではわりとスムーズなキー・タッチができてると思ってましたが、このことを念頭に置いてパソコンで文章を書いてみると、なんとなくですが実感できるような気がしました。
より自然な思考に近づけるならば、一度手書きで原稿を書くのがよいでしょう。パソコンに入力するのは清書、ということにすれば改善されるように思います。
今から、かな入力を身につけてみる、というのも手ですが……。