【論】Lockhart,2001,心の発現：DNAアレイと脳研究

David J.Lockhart and Carrolee Barlow
心の発現：DNAアレイと脳研究
Expressing what's on your mind: DNA arrays and the brain.
Nat Rev Neurosci. 2001 Jan;2(1):63-8.
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・目次より概要「DNAアレイを用いると、今では一度に数千個の遺伝子の発現量を追跡することができる。この技術を神経系の研究に用いることにより、古くから存在する問題に新たな方法で取り組むことができる。LockhartとBarlowは、この分野の現状を検討し、神経科学分野へのDNAアレイ利用の方向性を明らかにすると同時に、この手法を用いる際に留意すべき具体的な問題点について検討した。」
・問題点「分子生物学的手法は、脳機能の基本的メカニズムに関する情報を提供するものの、少数の遺伝子や特定の細胞・分子過程に焦点を絞る必要がある。」
・「神経遺伝学の第一の目標は、特定の神経表現型を担う遺伝子や、さまざまな種類の細胞の活性、さまざまな脳領域に特有な構造及び機能を同定することである。」
・「オリゴヌクレオチドアレイには、いくつかの特別な利点がある。たとえば、cDNAやPCR産物といった物理的な中間体を経ずに、配列情報から直接設計・作成することができる。さらに、多数のプローブを用いて、検出の冗長性を高めることができる」
・「成体マウス脳の各領域における全体的な発現プロファイルは驚くほど類似しているが、かなりの数の遺伝子が領域間で発現量に差があり、少数ではあるが、かなりの数の遺伝子が、1つの領域でのみ発現し、その他の領域では発現していなかった。」
・「ほぼ全ての場合において実験は少なくとも2度実施すべきであり、反復実験はできる限り独立に行うべきである」
・「完全に独立な2回の実験を行い、厳密な解析基準を用いた場合、この程度の注意を払うことで低い偽陽性率（およそ13,000個の遺伝子あたり0～3個）が実現できる。」
・「QTL解析の場合、遺伝子はまず、ゲノム上での位置が同定されるのに対し、発現マッピングの場合、遺伝子は遺伝子発現量の測定に基づいて機能的に同定される。この2つの手法は相補的であり、標準的なQTL解析が表現型に関連する遺伝子差異を示す遺伝子や遺伝子座を同定するのに対して、発現による手法は、任意の遺伝的多様性に対する細胞学的影響の程度を測定する。」
・「広範な遺伝子発現データの科学的有用性を最大にするためには、発現データおよび関連データを標準化されかつ役に立つ書式で保存し、広く提供することが重要である。」

・和訳論文。日本語はやはり読みやすい。
・"心"という言葉を題目に入れているのは、なかなか野心的ですね。実際、"心"などとはまだまだ手の届かない領域ですが、いつか、心模様がアレイ上に映し出されるなんてことになるのでしょうか。

《チェック論文》
・Sandberg R, et al, Regional and strain-specific gene expression mapping in the adult mouse brain.,Proc Natl Acad Sci USA. 2000 Sep 26;97(20):11038-43.

【演】札幌市民オーケストラ 第62回アトリエコンサート

札幌市民オーケストラ 第62回アトリエコンサート
2006.5.21(日)14:00開演, 札幌芸術の森 アートホール「アリーナ」, 入場無料
指揮 中山耕一, パート Viola

ハイドン：交響曲 第62番 ニ長調
ワーグナー：歌劇「ローエングリン」より 第1幕への前奏曲
シューマン：交響曲第4番 ニ短調 op.120
アンコール ハチャトゥリアン：「仮面舞踏会」より ワルツ、マズルカ

・アトリエコンサートは主に札幌市内の区民センターを巡回していますが、今回は芸術の森で初開催。私自身は昔、PMF関連の演奏会を聴きに来たことが一度あるだけで、弾くのは初めての会場でした。Kitaraの大リハ室と似た雰囲気。残響が多く音が柔らかく伝わり、最前列の客席でも違和感なく聴けるかんじで、良い会場だと思いました。
・当日はとってもさわやかな良い天気で、開演前のお弁当は外の芝生で食べました（写真）。そのまま昼寝したかった。。。
・『最前列はカンベンして下さい』の願いがやっと聞き入れられて、今回は晴れて最後列で演奏。
・ハイドン：4楽章冒頭の2ndVnとVcの刻みが、結局本番も合わずじまい。惜しい。
・ローエングリン：今回初見の曲。いい曲だとは思うけど、曲の規模といいますかスケール感がデカすぎて手に負えない感じですね。難しい。
・シューマン：リハではやたら早かったので、本番はいったいどうなることやら・・・と心配だったが、大丈夫でした。個人的に、バシっと弾くべきところ数箇所トチりました（悶絶）。　全楽章ataccaは勘弁して頂きたい。どうにか体は持ったけど。
・アンコール：ノリノリで終了。
・ヤマ台やら椅子の片づけにより、左腕が上がらなくなる。帰りの運転でギアチェンジに苦労。
・客数約150名[目測]：交通の便の悪い場所なので、お客さんが集まるか不安でしたが、そこそこ入りました。

小心者 ～レジ打ち間違い編

ブックオフ某店の会計にて。

『１１１０円になります！』

あれ…ちょっと高いような気もするけど…まぁいいか…

店を出てからレシートを確認　→　本×１２冊
現物を確認　→　本×１１冊
もう一度確認　→　本×１１冊


┐(´ー｀)┌ ま、いっか。

わたしのお気に入り ～プリン編

オハヨー　『こんがりバニラプリン』

本来なら写真を載せたかったのですが、現物が売っていない・・・
先日、購入できたのは幸運だったのだろうか。

これは衝撃！！また食べたいよー。
というくらいの美味しさ。

・・・と書いても伝わらないよなぁ。
『味』を文章で表現する。ムズカシイ。というよりフカノウ。

いや、それ以前に30過ぎのおっさんが『プリン』て。

『プリンウマー　我に返ると　オレおやじ』　ぴかりん

【本】脳死とは何か

脳死とは何か 基本的な理解を深めるために, 竹内一夫, 講談社ブルーバックス B-688, 1987年
・前出、立花隆『脳死臨調批判』にて槍玉に挙げられていた、国の脳死判定基準、別名"竹内基準"策定の中心人物による、脳死の解説書。立花氏への対抗のためか、この本はその後2004年に改訂新版が出ているようです。
・著者は医学の専門書を多数書いているとのことで、この本も非常に"書き慣れている"印象を受ける。ブルーバックスを含めた、専門知識の一般人への解説書としてお手本とも言えるような構成。その文章からは、筆者の尋常ではない頭のよさというかキレを感じる。強いて難点を言えば、"遊び"の部分が少なく、多少堅苦しく思えるところか。
・脳死を人の死と認めるか否かについて、はっきりとしたことは言えません。でもどちらかといえば慎重派ですかね。たとえば、現段階の科学技術で脳の仕組みの70%がわかっている、という認識だとして、後になって振り返ってみると実際0.1%しかわかっていなかった、なんてことになるような、そんな気がします。
・「しかし移植手術にはどうしても臓器の提供が必要であり、そのためには脳死状態をもって個体の死とする考え方が受け容れられなければならない。」p.7　まずは『移植ありき』が著者の立場。臨床経験40年の末に至った結論。
・「このとらえにくい"死"について、死を客観的に見るべき医学界においても、あまり明確な定義はない。むしろ、死という現象はなくて、実在するのは生命現象だけである、という考えがある。」p.17
・「この状態（脳死）を表わすのに、次のような言葉がある。すなわち「生きた身体に死んだ脳（a dead brain in a living body）」、「脈のふれる死体（corpses with a good volume pulse）」。」p.21
・「つまりいったん脳死状態に陥ると、絶対に蘇生しない。この脳死から心停止までの時間は、せいぜい一、二週間、長くて一ヶ月というのが現状である。」p.23
・「ひと口で答えるとすると、「脳死とは脳の全ての部分が死んだ状態」をいう。」p.25
・「最後にとくに強調したいのは、世界中で用いられている脳死の概念はあくまでも臨床的な観点、つまり実際に患者の診療にたずさわる側からの観点に立つものであり、決して病理学的な概念ではない。」p.27
・「よく脳は豆腐のようだといわれるが、私はむしろあんこうのきもに似ていると表現した方が実際に近いと思っている。」p.46
・「「脳死」が現在のような形で真剣に考えられ始めたのは、やはり心臓移植がはじめられた以降である。」p.57
・「ごく大ざっぱにみて、医学先進国においては、脳死の発生率は、全死亡者数の一パーセント弱程度とみてよいだろう。」p.64
・「新しい厚生省基準は、あくまで、脳幹を含めたすべての脳の機能が失われた脳死状態を判定するための基準であって、脳死を個体の死として認めるという、「新しい死の概念」を提唱しているのではない。」p.79
・「基本的には脳幹死を脳死とする英国以外は、全脳死を脳死とする立場に立つのが、現在の世界のすう勢といってよいだろう。一部の国ではさらに一歩進んで脳死を個体の死と公的に認めようという、死の概念の変更にまで踏み切ろうとしている。」p.116
・「しかし、私の畏友である某脳外科教授は、たとえ夫人が脳死状態に陥っても、心臓を摘出する気持には決してなれるものでないと率直に述べている。」p.135
・「一般の人々の間では、いまなお脳死と植物人間を混同している人が多いようである。」p.148
・「多くの現場の担当医達は、脳死状態に陥ればその患者は助からない。早晩、心臓も停止するであろう、医学的にみれば脳死状態はもはや個体の死と同じであると考えている。」p.164
・「Hic Medicina docet dignitatem vitae!　　医学は生命の尊厳を教える学問である！」p.168

【論】Grunenfelder,2002,Treasures and traps in ～

Bjorn Grunenfelder and Elizabeth A. Winzeler
Treasures and traps in genome-wide data sets: case examples from yeast.
（全ゲノムデータセットの宝と罠：酵母の事例）
Nat Rev Genet. 2002 Sep;3(9):653-61.
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・目次より概要「ゲノムに隠された機能情報を抽出するために大規模解析が頻繁に行われているが、得られる情報量に比べると結果が不明瞭であることも多い。異なる方法により別の結論が得られるような場合にはなおさらである。著者らは出芽酵母の事例に着目しているが、ヒトゲノムなどのさらに複雑なデータセットにも似たような問題が生じる可能性も指摘されている。」
・論文の構成（各分野の紹介）
Comparing microarray data sets
　Gene-expression studies.
　Comparing expression and proteomic data.
　Protein-DNA interaction studies.
　Comparing DNA-replication studies.
Comparing protein-protein interaction data
　Yeast two-hybrid assays.
　Identifying protein complexes.
Genome-wide mutagenesis

・マイクロアレイの信頼度「Similar results are obtained for 99.8% of genes when a sample is hybridized to two identical arrays, and results are similar for 99% when independent samples are prepared.」この言葉は鵜呑みにしてもいいものかどうか。。。

・生化学の分野。タンパク質関連は、サッッパリわかりません。

桜

近所で桜が咲いていました。
やっとです。札幌はもう散ってしまったかな？

実物は、『おぉ！』と感嘆の声をあげたくなるほどでしたが、
写真になってしまうと、ものすごーく地味ですね。

とにかく天気が良く、花見・焼肉日和でした。
とりあえず心の内を叫んでおくか。


『焼肉くいてぇぇーー！！！』


スッキリしたところで、一句。

　『サクラ咲く　思い浮かぶは　肉の味』　　ぴかりん

箸が折れた

いつも利用する某食堂にて。
コロッケを割ろうとすると、

　メ　キ　ッ

っと鈍い音とともに、割り箸が折れました。
こんなことは初めてのような気がする。
たまたま、折れやすい木目の入った不良品の箸があたっただけの話ではありますが。
・・・なんかコワイ。
不吉の予兆？


＜関連マメ知識＞
「七代将軍足利義勝が家臣たちとの正月の祝宴の時に使った箸が折れ、
数日後、将軍が馬に乗って出かけた際、馬が根っこに足を取られて、
将軍は馬から落ち亡くなってしまいました。
それ以来、箸が折れると縁起が悪いと言われる様になり、
祝膳では折れない太箸を使うようになりました。」
http://www.hashikyu.com/ohasinituite.html　より

【論】Butte,2002,The use and analysis of microarray ～

Atul Butte
The use and analysis of microarray data（マイクロアレイデータの利用と解析）
Nat Rev Drug Discov. 2002 Dec;1(12):951-60.
[PDFダウンロード][Webサイト]

・マイクロアレイを利用した研究分野の概観。
・遺伝子間の距離の測度（dissimilarity measures）を三つ紹介。
1.Eucluidean distance
2.Pearson correlation coefficient
3.Mutual information
・解析（クラス分け）法を六つ紹介。
＜unsupervised techniques＞
1.Hierarchical clustering
2.Self-organizing maps
3.Relevance networks
4.Principal-components analysis
＜supervised techniques＞
5.Neaest neighbours
6.Support vector machines
・解析ソフトのリスト。公開アレイデータのリスト。文献リスト。

・目次より概要「マイクロアレイは、遺伝子機能を探究するための基礎的手段であり、標的の同定、毒物ゲノミクス、生物マーカーの検索といった新薬発見のさまざまな側面において中心的な役割を担うようになっている。Atul Butteは、大量のマイクロアレイデータを解析するためのさまざまな方法を評価し、測定結果を解釈する上での課題について論じた。」
・二種類のチップの特性「spotted cDNA microarrays, which report differences in gene expression between two samples, and oligonucleotide microarrays, which report absolute expression levels. 」
・注意点「Normalization techniques for one microarray technology might not apply to another, owing to differences in assunptions and the distributions of output measurements.」
・「When determining whether a particular gene is differentially expressed between two samples, there are four characteristics that need to be considered:
1.absolute expression level, or whether the gene is expressed at a high or low level
2.subtractive degree of change between groups, or the difference in expression levels across samples (calculated using subtraction)
3.fold change between groups, or the ratio of expression levels across samples (calculated by division)
4.reproducibility of the measurement, or whether samples with similar characteristics have similar amounts of the gene transcript.」

・入門には最適な文献。

【本】ベートーヴェン

ベートーヴェン, 長谷川千秋, 岩波新書（赤版）16（R7）, 1938年
・出版当時は、"斬新なベートーヴェン像"を打ち立てたのかもしれませんが、今となっては、昔ながらの、というか多少古臭い感じがします。その"古臭さ"がまた良かったりもするのだけれど。
・『レオノーレ』と『フィデリオ』は同じオペラ（フィデリオ）の別バージョンの序曲だったのかぁぁ！！　知らなかった・・・
・「音楽作品は、昔からあまりにも詩的に美々しく解説され過ぎている。」p.i
・「ルードウィヒ・ヴァン・ベートーヴェンのみじめな生涯は、まず、過酷な父親の過酷な音楽教育から始まる。」p.2
・「そのころから、彼はよく、何か考えごとに熱中し、たったひとりで呆然として我を忘れ、周囲を忘れて、突立っていることがあった。　夫人はこれを見ると、「ああ、また彼はラプトウス Raptus（夢中）になっている。」と言った。」p.8
・「より美しい結果が得られるならば、どんな規則でも破って構わないと、確信し、宣言している彼である。」p.16
・「そこへもってきて、当時の楽譜印刷業者には妙なことがあった。その一つは、よく文士くずれが出版業者になるように、作曲家くずれが楽譜出版業者であることが当時も間々あったのだ。」p.44
・「彼は真っ赤になって怒った。彼はかたわらの楽譜に近寄り、「ナポレオン・ボナパルト」と書いてある表紙を、べりべりとはがして、引きちぎり、激怒して、床に叩きつけて、足で踏みにじった。」p.49　交響曲第3番「英雄」に関するエピソードより。まるでその場に居合わせたかのような。なんという臨場感。
・「作曲の全過程をピアノに訴えるようなハイドンとは異なって、ベートーヴェンはできるだけスケッチに訴え、創作の根本をつとめてピアノから離そうと考えていた。」p.60
・「気に入らない時は、何回でも出直す。こうした彼のスケッチを調べた後の世の人々が確信をもって言うところによれば、彼の曲の一小節にして、十二回以上書き直されないものはない、とさえ言われている。」p.60
・「彼は、実際に眼が近眼だったのみならず、心も近眼であった。」p.85　名句。
・「（交響曲第7番と第8番を比較して）彼はやがて落胆の気持を払いのけると、昂然として肩をそびやかしながら言った。　「人気がないのは、まさに、こっち（第8番）の方がはるかに秀れているからだ。」」p.90
・「ベートーヴェンは、この後期の四重奏曲の中に、真に飾りと見えのない自己を吐露した。従来の曲形式的な約束を忘れ、理論を忘れ、真に音楽的なものをそのまま綴った。」p.166
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？もうじん【蒙塵】（外へ出て塵（ちり）をかぶる意から）変事のため、天子が難をのがれて都の外に逃げること。
？あんぽう【罨法】　充血や炎症などを除くために、薬液や水・湯などにひたした布で患部を冷やし、また暖めること。また、その療法。湿布（しっぷ）。
？しゅゆ【須臾】　1　仏語。しばらくの間。すこしのひま。しばらく。しばし。暫時。　　2　数の単位の一つ。非常に小さい数の単位で、10^-15 にあたる。
？えんげん【淵源】　物事の起こり基づくところ。物事が成り立っているそのもと。根源。「淵源をきわめる」
？あいまい‐や【曖昧屋】　表向きは料理屋や商家、旅館などに見せかけながら、売春婦などをかかえておき、ひそかに客をとる家。曖昧宿。
？あゆ【阿諛】　相手の気に入るようなことを言ったり、そのような態度をとること。おべっか。