ゴールデンウイーク

ゴールデンウイークですね。
例年なら桜が咲きはじめるのに、今年はまだその気配もありません。
天気はよいが、まだ肌寒い。

こちらは特に休暇も取らず、暦どうりの休日です。
どこにも出かけず、家でぐーたらしたい！ところですが、
そういうわけにもいかないらしい。

とりあえず、本日は登別の温泉へ。
いつもの登別グランドホテルです。
日帰り入浴、通常料金1000円。
クーポン券を使って800円。
さらにスタンプをためると、5回で1回タダ（4000円／6回≒667円）。
手ぶらで行けるのと、開店と同時に行けばほぼ貸切なので、よく利用しています。

その他予定
１．洞爺の親戚宅訪問。恒例行事。親戚孝行しないと。
２．BOOK OFFめぐりin札幌。何店まわれるか・・・
３．車検。時間的に無理そう・・・これはたぶん後日。
４．家の片付け・掃除。細々としたことたくさん。
５．札幌市民オケ集中練習。
などなど。

ぅぅぅ・・・

【論】Gasch,2002,Exploring the conditional ～

Audrey P Gasch and Michael B Eisen
Exploring the conditional coregulation of yeast gene expression through fuzzy k-means clustering
Genome Biology 2002, 3(11):research0059.1-0059.22
[PDFダウンロード][Webサイト]

・"Fuzzy k-means clustring"のDNAマイクロアレイデータ解析への応用。そのアルゴリズムの丁寧な解説と、解析で得られた遺伝子クラスター間の相互関係による、詳細な生物学的考察。Gaschが行なった、Yeastの環境変化応答に関する研究の集大成。
・データ：あちこちから集めた、Yeastの公開データ。6153遺伝子×93サンプル。
・Fuzzy k-means clustringのアルゴリズム
1.主成分分析で遺伝子の第1成分を算出　→　重心（centroid）とする
2.重心と各遺伝子間の距離（membership(Pearson correlation)）を算出
3.距離の近い（相関の強い）方向へ重心を移動
4.手順2～3を収束するまで繰り返し
5.相関が閾値（任意）以上の遺伝子を除く
6.遺伝子がなくなるまで手順1～5を繰返し
7.各重心と各遺伝子間の相関を全て計算　→　Membership table
・例：ある学校の生徒を『野球部』『吹奏楽部』『その他』にクラス分けするとしたとき、従来法では『野球部』と『吹奏楽部』をかけもつ生徒がいた場合に対応できなかった。この問題はFuzzy k-means clustringを使うことで回避できる。しかし、部活に所属しているかどうか、を判断する閾値は任意で定めなければならないという別の問題が起こる（幽霊部員の扱いをどうするか）。

・問題点「However, the central limitation of most of the commonly used algorithms is that they are unable to identify genes whose expression is similar to multiple, distinct gene groups, thereby masking the relationships between genes that are coregulated with different conditions.」
・新旧法の比較「Rather than the hard partioning of standard k-means clustering, where genes belong to only a single cluster, fuzzy k-means clustering considers each gene to be a member of every cluster, with a variable degree of 'membership'.」
・目的「These details implicate mechanisms that yeast cells use to orchestrate genomic expression programs in response to variable conditions.」
・問題点「One potential drawback of this method is that the number of clusters, k, is limited to the number of eigen vectors (which is determined by the number of microarray experiment analyzed.)」
・注意点「the algorithm performed slightly better on an input dataset that consisted of the subset of yeast genes that showed differential expression patterns, as opposed to the entire gene-expression dataset.」
・利点「One of the most significant advantages of fuzzy k-means clustering is that genes can belong to more than one group, revealing distinct aspects of their function and regulation.」
・「A key difference between these algorithms is that fuzzy k-means clustering requires no a priori information about the dataset.」

《チェック》
・Causton HC, Ren B, Koh SS, Harbison CT, Kanin E, Jennings EG, Lee TI, True HL, Lander ES, Young RA., Remodeling of yeast genome expression in response to environmental changes., Mol Biol Cell. 2001 Feb;12(2):323-37.

ボルトやナットを使った人形「ボルタ」（全長約５センチ）

ボルトやナットも踊り出す…「鉄の街」で考案、完売
　鉄の街・北海道室蘭市で、ボルトやナットを使った人形「ボルタ」（全長約５センチ）が人気だ。
　楽器演奏や「うたた寝」など様々なポーズがある。鉄を生かした街づくりを目指す市民団体が考案。今月１日、市内の道の駅などで２０種類５００体を販売し、５日間で完売した。
　市内の授産施設などで作っており、「室蘭さわやか会作業所」では、通所の９人が、指導員らと、ウルトラマンのようなポーズなどの６種類３００体の製作に追われている。
　１体５００円（税込み）。問い合わせは、輪西商店街振興組合（０１４３・４３・５８４６）へ。
（2006年4月28日15時16分 読売新聞）
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20060428i510.htm

大学オケの後輩が考案し、一人で作りはじめたという話。
まぁ、いろんなこと考えるもんだなぁ・・・
まだ実物は見ていない。