【論】Alon,1999,Broad patterns of gene expression～

U.Alon, N.Barkai, D.A.Notterman, K.Gish, S.Ybarra, D.Mack, and A.J.Levine
Broad patterns of gene expression revealed by clustering analysis of tumor and normal colon tissues probed by oligonucleotide arrays
Cell Biology Vol.96, pp.6745-6750, June 1999
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・結腸(colon)組織のDNAマイクロアレイデータを解析し、(ガン)腫瘍と正常細胞を識別する。
・データ：ヒトの結腸腫瘍40サンプル、正常22サンプル。遺伝子数6500以上。Affymetrix Hum6000。
・識別法：two-way clustering method　→　重心(centroid)を2個設定。各要素をどちらかの重心に（確率によって？）振り分け、2分割する。この操作を要素数とクラス数が一致するまで反復する。
・実験1：遺伝子をクラス分け　→　細胞の状態（腫瘍or正常）に相関のある遺伝子を抽出。
・実験2：サンプルをクラス分け　→　病気診断。

・「The intensity of each gene is normalized so that the relative variation in intensity is emphasized, rather than the absolute intensity.」
・「Thus the outliers in the tissue clustering might be accounted for by tissue composition.」
・「Clustering can be thought of as a tool for reducing the dimensionality of the system.」

？UTR　untranslated region

【本】マサチューセッツ工科大学

マサチューセッツ工科大学, フレッド・ハプグッド　(訳)鶴岡雄二, 新潮文庫 ハ-36-1, 1998年
（Up The Infinite Corridor by Fred Hapgood）
・MIT(Massachusetts Institute of Technology)の成り立ちについてのノンフィクション。
・文章がいかにもアメリカっぽく、そのまわりくどい言い回しや、ジョークについていけないことがしばしば。『これは笑っていいところなのか？』
・『ハーバードやスタンフォードではなく、なぜMITなのか？』　基本的な動機がいまいちわからず。このように単独の大学についての本がでるということは、アメリカ人にとってそれだけ特異な印象をもつ大学であるということなのだろうけど。
・「本書を書くうえで、著者が直面したもっともむずかしい問題は、エンジニアの男女比が劇的に変化する可能性がどのていどあるか、あるいは、そもそも変化する可能性があるかどうかを判断することだった。」p.4
・「エンジニアリングの精神的な奥行きに気づき、それを探求した最初の人間と目されるロバート・パーシグは、その『禅とオートバイ修理技術』のなかで、「窮した感覚」こそがカギであり、ことの核心であり、「禅僧が公案や呼吸法や座禅などを通じて、多大な苦労をして呼びよせようとする、あの虚無そのものである」と主張している。」p.18
・「この大学の文化について考察をめぐらせるうえでもっとも有効な視点は、「全体の心理」から「部分の物理」へと広がる、人間の感覚の多様性を考えることだろう。」p.33
・「ハリー・ウェスト教授はいう。「わたしが知っている最高のエンジニアは、かつていちども独創的なアイディアなど思いついたことがない。彼がしたのは、あちこちぶらぶら歩きまわって、いろいろな人間の話をきき、そして――」（中略）「――そして、それを組み合わせただけだ。彼は"創造的"といえるかね？」」p.35
・「エンジニアの立場からいうと、発明者自身には思いもよらなかった用途で使われたときに成功したものが、真に偉大な設計なのである。」p.88
・「エンジニアリング・サイエンスは、膨大な知識を蓄積したが、斬新な道具を生みだすペースは落ちているように見える。」p.124
・「「時計のことを学ぶには、それを修理するのがいちばんよい」」p.162
・「分子工学者というのは、ベルをたたく打楽器奏者なのだが、そのハンマーは二五五ミリ砲なのである。」p.218
・「「脳としてのコンピューター」モデルは、神経生理学にほんのささやかな貢献しかできなかった、とミードは言う。その理由は、（一部の哲学者が考えたように）脳を模倣することが不可能だからではなく、脳とコンピューターの類似が不十分だったことにある。」p.250
・訳者あとがきより　「「ハイテク」関連の書籍というのは、ある友人の表現を借りると、おおむね「高血圧」の表現をとっている。騒々しいハイテク・グルーピーとは対照的に、きわめて冷静な、低血圧アプローチをとっていることが、個人的には本書の最大の美点と考えている。」p.271
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？かんせい【陥穽】　おとしあな。人をだましたり、失敗させたりするための計略。わな。はかりごと。
？ふき【不羈・不羇】　束縛されないこと。また、才能や学識があまりにもすぐれていて、常規では律しにくいこと。「奔放不羈」「不羈の才能」

目撃 ～コインランドリー編

今回は目撃したのではなく、目撃《され》ました。
昨夜のことですが、コインランドリーでの出来事。

洗濯が終了し、カゴヘ洗濯物をとりこんでいると、
店にお客さんが入ってきた。
で、クスクス笑い声が。

かまわず洗濯物のとりこみ続行。
クスクスクスクス笑い声はだんだん大きくなっていく。

それでも無視して、とりこみおわってふと見てみると、
大学オケの後輩ども５～６名が。。。
しかも女ばっかり(←コレ最悪 orz)

洗濯物とりこみの一部始終を見られてた。
しかもデジカメでとられた。
とりあえず逃げた。
とにかく逃げた。
ぴかりん先輩、動転の図。

後輩どもは飲みに行く途中、たまたま通りかかったそうです。
(*´∀｀*)オマエラ、グラウンド10周！腕立て・腹筋各50回！


ものすごい恥ずかしさでした。
洗濯していただけなのに。
プライベートな時間で気が抜けているところを目撃されるのって、こんなにも恥ずかしいものなのですね。

【論】Shipp,2002,Diffuse large B-cell lymphoma～

Margaret A.Shipp, Ken N.Ross, Pablo Tamayo, Andrew P.Weng, Jeffery L.Kutok, Ricard C.T.Aguiar, Michelle Gaasenbeek, Michael Angelo, Michael Reich, Geraldine S.Pinkus, Tane S.Ray, Margaret A.Koval, Kim W.Last, Andrew Norton, T.Andrew Lister, Jill Mesirov, Donna S.Neuberg, Eric S.Lander, Jon C.Aster & Todd R.Golub
Diffuse large B-cell lymphoma outcome prediction by gene-expression profiling and supervised machine learning
NATURE MEDICINE Vol.8 Num.1 January 2002
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・DNAマイクロアレイの病気診断への応用。DLBCL（Diffuse large B-cell lymphoma : びまん性大細胞型リンパ腫）の予後診断。
・データ：合計77サンプル（全て別の患者）、うちDLBCLは58、FL(follicular lymphoma)は19サンプル。6,817遺伝子。
・実験1：77サンプルをsupervised learning classification algorithm ('weighted voting')にかけ、DLBCLとFLにそれぞれ特異的に発現する遺伝子を抽出する。
・実験2：DLBCL58サンプルをweighted voting にかけ、治癒(32サンプル)と難治(26サンプル)にそれぞれ特異的に発現する遺伝子を抽出する。　→　最終的に13遺伝子まで絞り込み

・結局なにをやってんだか、内容がいまいちつかみずらい。

・「The 6,817 genes were sorted by their degree of correlation with the DLBCL versus FL distinction.」
・「Such comparisons are admittedly difficult, given that, 1) different genes were measured on the arrays, 2) the microarray technology was different (oligonucleotide versus cDNA arrays), 3) different computational approaches were employed, and 4) different patient samples were studied.」
・「This observation suggests that although the signature genes may reflect cell of origin, they do not explain a significant portion of the clinical variability seen in this DLBCL dataset.」
・「Marker genes were then identified using a signal-to-noise calculation: S_x=(μ_class0 - μ_class1) / (σ_class0 + σ_class1)」
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・もうとっくに10本は読んだかと思いきや、まだ7本目・・・orz　二日で一本読めるところまできたが、まだまだ遅い。

【本】ファースト・プライオリティー

ファースト・プライオリティー, 山本文緒, 角川文庫 や28-11, 1995年
・大阪行き帰りの飛行機内で読み切った。
・31歳の主人公たちの淡々とした中にちょっぴり刺激のある生活。ファースト・プライオリティー（最優先なこと）についての短編が31本。そして読む人間は32歳（オシイ）。
・作中の男女の会話より、
　「「どうして男の人って、そんなに野球が好きなの？」
　（中略）
　「じゃあ聞くけど、女ってどうして恋愛の話がそんなに好きなの？」」p.213
感想はこの一言に全て凝縮されている。
物語の中での男のイメージ
♪デートに遅刻する・すっぽかす
♪浮気する
♪無神経
♪家事をしない
♪仕事第一で家族、恋人を顧みない
などなど、さんざんだぁ～　まとめると『男は愛が足りない』ってことですかね。男なんてこんなもんだよな。この条件を全て克服すればモテモテ！？
・印象に残ったのは、『処女』："ゴジラ"と"ミニラ"と職場であだ名される姉妹の話。
・「ずっとこのまま仲良くバカップルでいたいから、結婚して浮気されるよりは自分が浮気相手の方が楽しいし楽かもしれないなー、」p.71
・「「好き」の反対は「嫌い」ではなく「無関心」だということを昔から私はよく知っていた。」p.310
・女性なら共感できる本なのかもしれませんが、、、
『二度と読むことはないであろう著者リスト』へ追加 ＞山本文緒
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？かっぽう【割烹】　食物の調理をすること。料理。
意味がわかりません・・・辞書よ、しっかりしてくれ。

【旅】大阪行き まとめ

ハイ。ふくらはぎが痛いぴかりんです。
昨日は死んだように寝て、今日は体の重～～い最悪の寝覚め。
４日間家を空けたぶんの片付けでバタバタしています。

どうにか無事に帰ってきた大阪行き。
当初は、たいしてどこを回るでもなく、ボケーっとした旅行になるかと思いましたが、
行ってみるとかなりハードなスケジュールでした。
天気もよく、気温も暑くならず、忘れ物なく、迷うことなく、トラブルなく、
すんなりと予定をこなすことができました。

今回は名所をただまわるだけでなく、人との出会いが多くありました。
　☆姫路の楽器店（Kreisler Music）のＭ夫妻
　☆友人結婚式参加の皆様
　☆芦響の皆様
　☆某オフ会参加の皆様
関西圏に新たな人脈ができたのが、今回一番の収穫です。
皆様本当にお世話になりました。　m(_ _)m

・感想
　♪いろんなものが、すんごい密集具合
　♪東京と見分けがつかない
　♪歩行者用信号は飾りである
　♪電車内が静かで意外（皆ずっとしゃべってると思っていた）
　♪神戸空港ちいさい！コンパクト！
　♪BOOK OFFの品揃えは道内と変わらない
・今度また大阪に行ったなら…
　♪大阪シンフォニーホールで演奏会を聴きたい
　♪大阪の夜景を眺めの良いところから見たい
　♪温泉(？)はいりたい
　♪串カツ食べよう（今回食べなかった）
　♪ふぐ食べよう
　♪くいだおれ人形（行くのわすれた）
　♪梅田の地下街で迷ってみよう
・心に残った食べ物
　♪結婚式料理のデザートの果物ゼリー（恐ろしく高級な食材を使用していると考えられる）
　♪居酒屋のホルモン焼き（オイスターソース）・大根サラダ（太かった）
　・その他、お好み焼きにキャベツがミジン切りで入ってて『へぇ～』と思ったり、『トンペイ焼き？？』と思ったり
・持っていった方がよかったもの
　♪名刺（途中できれた・・・）
　♪楽譜（ちょっとしたソロ・合奏用）
　♪カラオケのレパートリー（歌えない・・・）
　♪バイオリンのレパートリー（宴会用、試奏用、楽譜見ないと弾けない・・・）
・持っていかなくてもよかったもの
　♪寝巻、タオル、歯ブラシ、歯ミガキ
・その他
　♪コインロッカーをうまく使うこと
　♪おみやげ（お菓子）は数が多めのものを
　♪早い時間に名所巡りをして正解だった

【旅】大阪行き ４日目

３月６日（月）
　　　心斎橋～難波をウロウロ
　　　BOOK OFFめぐり？

14:00　伊丹空港着

15:00　伊丹空港発
　｜
16:45　新千歳空港着

19:00　室蘭オケ練習
　｜
22:00

【旅】大阪行き ３日目

３月５日（日）
　　　大阪城見学？

13:00　芦屋交響楽団練習見学(芦屋市民センター)
　｜
17:00

18:00　大阪　知人(￣ー￣)と飲み会
　｜
？？？

（ホテルサンルート梅田 泊）

【旅】大阪行き ２日目

３月４日（土）
9:00　姫路発
　｜
10:00　大阪着
　　　大阪駅周辺をウロウロ
　　　梅田スカイビル

13:00　結婚式会場ホテル着

14:00　大坂のホテル（リーガロイヤルホテル大阪）で友人の結婚式・披露宴
　｜
18:00

20:00　梅田で結婚式二次会
　｜
22:00

（ホテルサンルート梅田 泊）

【旅】大阪行き １日目

３月３日（金）
9:30　室蘭発
　｜
12:00　新千歳空港着

13:30　新千歳空港発
　｜
15:30　神戸空港着

17:00　姫路着
　　　姫路をウロウロ、姫路城見学？(17:00マデだ…orz)

20:00　姫路の楽器店（Kreisler Music）訪問　現在使用の楽器はここから購入
　｜
21:00

BOOK OFF？

（姫路キヤッスルホテル 泊）