【論】Ben-dor,2000,Scoring Genes for Relevance

Amir Ben-Dor, Nir Friedman, and Zohar Yakhini.
Scoring genes for relevance.
Technical Report 2000-38
[PDF][Web Site]

・遺伝子ランキング法の性能比較。
・データ
1.Colon cancer data set,tumor(38)/normal(20) [Alon]
2.Leukemia data set, AML(25)/ALL(47) [Golub]
3.Lymphoma data set, DLBCL(46)/8 types of tissues(50) [Alizadeh]
・比較した遺伝子ランキング法
1.TNoM, Threshould Number of Misclassification [Ben-dor]
2.Info, Mutual Information Score, TNoMの改良版
3.Logistic regression
4.Gaussian based score [Slonim]
・クラス分け法： naive Bayesian classifier
・クラス分け評価法：LOOCV

・結果「Our analysis shows that relevant genes are significantly abundant in actual gene expression data. We also demonstrate that by restricting classification rules to examine these genes, performance improves, often dramatically.」

【本】失われた景観 戦後日本が築いたもの

失われた景観 戦後日本が築いたもの, 松原隆一郎, PHP新書 227, 2002年
・現代日本の景観について。似たような問題設定の本があったっけ、と思ったら参考文献の第1冊目として挙げられていました。『うるさい日本の私』　問題設定は似ていても、その問題へのアプローチの仕方は全く異なり、オモシロオカシク・ヤワラカクというのではなく、あくまでもアカデミックな雰囲気。景観やその他環境問題について興味があり、その勉強のために読むような、やや硬めの内容です。
・個人的には、景観の良し悪しはどうやって判断するのか、その評価法について興味があったのですが、それに関する記述は無く、飽くまでも行政や経済の立場からの考察でした。
・外を歩くときに注意して空を見上げてみると、本書で指摘されているように、こんな田舎でも想像以上にたくさんの電線が張り巡らされていることにはじめて気がつきました。慣れって恐ろしい。
・収録された事例。第一章：ロードサイド・ショップが生み出した均質な郊外景観（国道16号線）。第二章：公共事業による生活景観の破壊（神戸）。第三章：マンション建設締め出しに端を発した自治体による条例策定（神奈川県・真鶴町）。第四章：電線類地中化（東京都・阿佐ヶ谷）。
・「けれども私は、清潔で新しくはあっても秩序のないことにかけてこれほど突出している景観を持つ国は、世界に類を見ないと感じている。そもそもそうした感覚、つまり景観が荒廃しているという共通の認識がないことじたいについても、絶望的な気分にさせられてしまう。」p.10
・「ついでにいうと、私は道路に白あるいは黄で交通標識をしるすペンキについても塗り方の無神経さが気に食わない。」p.15
・「視野を電線で区切られず、そぐわぬペンキを塗られず、景色により自分の居場所が分かり、せめて旅行先では看板の洪水にみまわれず、暮らしている町では過去との連続を実感していたい――私が景観に望むのは、そうした些細なことである。」p.16
・「つまり私を批判する人々は生活を支える経済の振興を望んでいるのであり、私が日々の暮らしで手放しがたく考える景観は、経済活動によって危機にさらされているのである。」p.16
・「ある景観を醜悪と断じるには、対比すべき景観の美しさに感服した体験を有していなければならない。」p.36
・「ロードサイドビジネスの看板は、歩く人にではなく自動車で走りぬける人の目に留まるように工夫されているために、単純でけばけばしいものとなった。」p.48
・「結局のところ、我が国では、日常景観を守るような社会的政治的制度はいまだ十分には整備されていないのである。住吉川訴訟が暴き出したのは、住民の福祉向上に専心するはずの社会主義政権にしてからが住民の日常生活を維持しようとはしていないという事実であった。」p.94
・「これまで日本の景観は、都市計画家や行政など一部の人々によって論じられ、しかし現実には経済の趨勢によって形作られてきた。それに対して日本における景観の崩壊理由を経済や法の特質にまで遡って分析し、政治論や認識論を駆使して対案を提起した点で、真鶴の条例は衝撃的であった。」p.117
・「それゆえ葬式の折りに派手な色彩の服を着ておれば、顰蹙を買う。だが、葬式に列席する際の服装は慣行によって決まっているだけであり、公権力が規制しているわけではない。服装と建築物に対する規制とは、どこがどう違うのだろうか。」p.121
・「日常景観には、地域によって異なり、数値化しえない質をともなうという性格がある。」p.131
・「チャールズ皇太子というとダイアナ妃がらみの話題ばかりが連想されるが、イギリスではそれ以外に、特異なポジションから言論界に切り込み、物議を醸してきた人物という顔が知られている。」p.143
・「景観を維持し発展させるのは条例ではなく、文化や政治、経済を貫いて条例を支える精神である。」p.159
・「「架空電線」は、欧米の主要都市の中心地には存在していない。対照的に我が国では、とりわけ住宅街で電線は増える一方である。そのことを普段国内で生活しているとき我々は意識していないのだが、80年代以降の円高で急増した海外渡航者によりコントラストの明瞭な違いに突如さらされ、その存在に気づく。」p.177
・「本書は日常景観を汚して省みない日本社会がどのようなものであるのかを描くことを目的としている。そうした意図の背景となっているのが、自分の記憶を呼び起こしてくれるはずの景観が失われつつあることに対する、右記のようなごく個人的な心情である。それは個人的ではあるが、普遍的でもあると信じている。」p.223

？かんぎゅうじゅうとう【汗牛充棟】　（柳宗元「唐故給事中陸文通墓表」の「其為レ書、処則充二棟宇一、出則汗二牛馬一」から。ひっぱるには牛馬が汗をかき、積み上げては家の棟木にまで届くくらいの量の意）蔵書が非常に多いことのたとえ。

【演】第14回 森の広場の音楽会

第14回 森の広場の音楽会 ～アルテピアッツァ美唄 アフタヌーンコンサート～
2007.6.2(土)13:00開演, アルテピアッツァ美唄, 入場無料
演奏 美唄弦楽アンサンブル, パート 1st Violin

12.W.A.モーツァルト ピアノ協奏曲 第21番 ハ長調 K.462 ～第2楽章 アンダンテ
　ピアノ 小堀泉、指揮 中西禮治
23.E.エルガー 愛のあいさつ op.12 (弦楽合奏版) 指揮 宮越祟
※出演分のみ抜粋

・室蘭は肌寒くさえない天気がしばらく続いていましたが、美唄まできてみるとものすごくいい天気！　久しぶりに日光を浴びた気分。美唄近郊の音楽家の発表会。今回はいつもより出演者が増え、全23組（うち1組欠場）が出演しました。そのうち二日にわたって開催、とか、出演を制限する、なんてことになりそうな勢いです。
・リハが終わって、お弁当を食べて、出番までまだかなり時間が余っている。ということで近所の温泉（ピパの湯）へＧｏ！　さんさんと降り注ぐ日光の下、露天風呂で日光浴。気持ちいい～～幸せ～♪　しばらくボーッとしてたら日に焼けてしまいました。途中、追ってきたうしさんとまこちゃんも参加。
・Pコン：( ゜д゜)ハッ!　そういえば温泉に入りに来たのではなく、楽器を弾きに来たんだった。外は晴れて爽やかな青空、会場内はこの曲のおかげでしっとりした空気。演奏は無難に終了。
・また次の出番まで空き時間が。と、まこちゃんが「いちごを買うので店まで車で連れて行ってくれ」というので、旅に出てきました。幻の美唄限定販売のいちご『恋つむぎ』を捜し求め、スーパーを回ること数件。販売を行っている店までは突き止めましたが（A-coop）、今年はまだ出荷されていないとのことで幻のままに終了。残念。
・愛の挨拶：( ゜д゜)ハッ!　そういえばいちごを探しに（略　後半のプログラムはサクサク進み、出番の時刻が予想よりもかなり早まりました。メンバーは各自散策にでていて、出番がきたというのに見当たらない者、数名。あわてて携帯で呼び出し。指揮者が当日のリハには出られず、ぶっつけ本番だったのでちょっと不安でしたが問題なく演奏終了。
・客数約20名[目測]：出演者は増えたが、観客はなぜか減ってしまいました。ちょっと寂しい。このようにお気楽な発表会なので、そのうちSoloでも出てみようかな～♪

【練】目立ちたがり屋？

♪札幌西区オケ練習＠2007.6.2(土)18:30-21:00, 手稲記念館
曲 ラデツキー → ハンガリー5番 → エグモント → マイスタージンガー

・美唄での本番（詳細後日）後、西オケの練習に定演以来の参加。会場は、はじめて行く『手稲記念館』　"手稲"と名前がつきながら"宮の沢"にあるとは。そばの道路を通る事は多かったが、こんな建物があったとははじめて知りました。そこそこ広い講堂で、小学校の音楽室よりは広くて快適。
・練習開始時、1stVnの最前列が空いている。指揮者より「前につめてください」との言葉にもかかわらず、反応は鈍く、最前列は空席のまま。この状況が我慢できず、身のほどもわきまえず、楽譜もその場で見たけども、行きましたともさ、コンマス席に。　「コンマスなんて、いてもいなくても大差ありません」なんて悲しすぎる。。。
・エグモントもマイスタージンガーも好きな曲なので、思う存分、熱く弾きました。キモチイイー!!　調子こいてそんな席に座るもんだから、やっぱりきたね、指揮者様からのお言葉。「では、お手本お願いします」　→轟沈。
・弾いている間、かなりアチコチ見回しましたが、誰とも目が合うことなく寂しい限り。でも、気にしてくださっているように感じられるパートもあったり（気のせい？）。

なれたらいいな『その席に座っただけで、オケの音が変わるようなコンマス』

(*´∀｀*)ムリムリ

♪本番：札幌西区オーケストラ ファミリーコンサート 2007.9.8(土)17時開演＠西区民センター大ホール

※写真は本文とはなんの関係もない本日の実家での夕食です。

＠酔 土産話 ～チョモランマー！！

　本日はサークル（工大オケ）後に、ＧＷにネパールを一人旅し、生きて戻ってきた後輩と飲み、現地で撮った写真を交え土産話を聞いてきました。
　まさに想像を絶する世界。ヒマラヤ山脈の山の頂を仰ぐときの首の角度が、日本国内で山を見るのとは全く違うそうです。まさに山が眼前に立ちはだかる感じとか。で、ネパール国内線の飛行機に乗って窓から外を眺めると、目線は山と同じ、またはむしろ山の頂のほうが高いほどだとか…うお～すげ～　ここに載せた写真はお土産の絵はがきです。あとお茶もいただきました。ありがとう。
　あとは、街を流れる川っぷちには火葬場があり、そこを訪れたときも葬式をやっていて、そこから立ち上る煙は『臭かった』とのこと。そこで一番のカルチャーショック受けたそうです。確かに日本にいたら『人間を焼く匂い』を嗅ぐことなんてないよなぁ～…
　そんなこんなで、最後は店を閉めたマスターと三人で近所の店で醤油ラーメンでシメ。

　明日は10時美唄集合で本番なんですけど…早く寝よっと。

【論】Cho,2002,Gene-expression profile comparisons ～

Yangrae Cho , John Fernandes, Soo-Hwan Kim and Virginia Walbot
Gene-expression profile comparisons distinguish seven organs of maize
Genome Biology 2002, 3:research0045.1-0045.16
[PDF][Web Site]

・トウモロコシのアレイデータの解析。
・データ：トウモロコシ、13サンプル、7組織、5376遺伝子、cDNA
・解析ソフト：Cluster 、TreeView [Eisen]

・動機「In most studies, treated and untreated tissues of the same age were compared. To date, there are just a few studies comparing distinct developmental stages.」
・問題点「How many genes are expressed abunbdantly in specific organs? How many genes are expressed in diverse organs?」
・問題点「An important question is what fraction of closely related duplicated genes are expressed differntially during the maize life cycle.」

・植物アレイデータの論文は初めて読んだかも。トウモロコシの話はさっぱりわからず。