【論】Smyth,2003,Statistical Issues in cDNA Micro～

Gordon K. Smyth, Yee Hwa Yang and Terry Speed
Statistical issues in cDNA microarray data analysis.
Methods in Molecular Biology 224, 111-136.(2003)
[PDF][Web Site]

・cDNAマイクロアレイ解析の概論。実験計画からサンプルの識別まで。
・目次
1.Introduction
2.Experimental Design
3.Image Analysis
4.Graphical Presentation of Slide Data
5.Normalization
6.Quality Measures
7.Selecting Diffenrentially Expressed Genes
8.Classification
9.Conclusion
10.Acknowledgements
11.Refenrences

・「It is not possible to give universal recommendations approproate for all situations but the general principles of statistical experiment design apply to microarray experiments.」
・「In many microarray studies the aim is to identify a number of candidate genes for confirmation and further study.」

そんなに目立つ？ ～クリーニング店にて

　皆様こんばんは。ウオッカのキャップのささくれで先ほど手を怪我したぴかりんです。

　演奏会で着用する黒スーツがよたってきたので、先日ひさびさにクリーニングに出しました。手持ちの衣類でその演奏会用黒スーツが一番酷使されている服だったりします。
　「来週頭ころに来てくれ」というので出来上がりを見計らって店に行ってみると、控えを出す前から店のオバちゃんより

「あら！　○○さん(ぴかりん本名)いらっしゃい！！　スーツでしたよね！？　(ガサガサ)　できてますよ～！！」

な、なぜ名前を！？　確かに服を預ける時に名前を伝えたが…　年に一回使うかどうかの頻度なのに…　よっっぽどキョーレツな印象を相手に与えているということなのでしょうか…　なんともビミョーな気分を味わった汗ばむ陽気の昼下がり。

【本】頭を鍛えるディベート入門 発想と表現の技法

頭を鍛えるディベート入門 発想と表現の技法, 松本茂, 講談社ブルーバックス B-1112, 1996年
・著者の経歴を見ると、学生の頃から各種ディベート大会で優勝したり日本代表になったり、その後アメリカに渡りディベートを教え、日本の大学に帰るとディベート協会の理事などと、まさにディベートをするために生れてきたような人物の手による入門書。新書の分量の制約から内容はほんのさわり部分のみ。大雑把にディベートとはどんなものかを知るには格好の書。
・ディベートといえば、昔大学の授業にて「原子力発電は是か非か」という題について、それらしきものをやらされた記憶があります。なぜか聴衆には北電の社員も混じっていて、私の拙い発表にもかかわらず熱心にカリカリとメモをとっていたのが記憶に残っています。『ディベート』と聞くと、私の場合『面白さ』よりも『大変さ』のイメージの方が先にきます。その点を考えると、『ディベート競技で勝つ方法』よりは『ディベートの考えを取り入れた建設的日常会話の方法』といった内容の方がお気楽で、興味が持てそうです。
・カバーに描かれたなんとも不気味なキャラクター[写真]。すごーく気になり作者をチェックすると、『土橋とし子』の名が。さらにWikipediaを手繰っていくと、なぜか『ちびまる子ちゃん』に行き着いた。ヘェェー。どうでもよい知識がまた一つ。
・「ディベートのことを自分の意見を押し通すための話術だとか、口先だけうまくなる学習法だとか思っているのなら、それはとんでもない誤解だ。問題を創造的に解決することこそがディベートの目的であり、その本質は論理的な発想の技法である。本書では、論点の整理法や客観的資料の使い方を通して、こうしたディベートのエッセンスを詳しく解説し、さらにディベート思考法を応用したユニークな英語学習法も紹介する。」カバー
・「いい加減に発言を聞いていると、発想が貧弱になり、脳の働きが退化してしまう。」p.13
・「ディベート（debate）：ひとつの論題に対し、2チームの話し手が肯定する立場と否定する立場とに分かれ、自分たちの議論の優位性を聞き手に理解してもらうことを意図したうえで、客観的な証拠資料に基づいて議論をするコミュニケーション形態。」p.20
・「ディベートに不可欠な構成要素　　ディベーター（肯定側および否定側）　　審査員（聴衆）　　論題（命題）」p.21
・「手強い相手と議論をすればするほど、かえって自分も思ってもみなかったすばらしい意見が浮かぶようになる。相手の議論や戦略を乗り越えるようなものを創出しようとする。」p.33
・「2つの相反する立場（結論）から議論しあうことにより、真実（social truth）を見いだそうとするのがディベート本来の意義である。」p.58
・「私自身、「心」「頭」「体」のバランスのとれた若者を輩出することが家庭そして学校での教育の目的だと考えている。」p.61
・「今後の大学教育のひとつの目標は「ディベートができる人材の輩出」であると考えている。」p.63
・「大学教員が「何を」教えるのかばかりに注意を向けるのではなく、「どのように」教えるかを考え始めたとき、ディベートがその有力な答えになることは明らかである。」p.64
・「自分自身でディベート的な発想を見につけるには、論題を考えながら、あるいは論題を作りながら新聞を読むとよい。」p.71
・「これは、ふだんの会議でも言えることである。話の骨格に関係ないデータについてのちょっとした間違いであっても、それを指摘してディスカッションの流れを止めたり、話しの腰を折る人が意外に多い。間違いに気がついても指摘しないのも、場合によっては議論に参加する際に重要なテクニックとなる。」p.111
・「なおかつ、たんに4技能（聞く、話す、読む、書く）だけでなく「考える」という第5の技能も磨くことができたことによって、結果として英語の力もついたようだ。」p.141
・「日本人の場合、発音、文法などは、英語が外国語である国の人たちとくらべてみてもそれほど見劣りはしない。しかし、決定的に違うのが流暢さ（fluency）である。」p.151

《チェック本》小林康夫(編)『知の技法―東京大学教養学部「基礎演習」テキスト』

さえない天気

　皆様こんばんは。昨夜食べたメガテリヤキの威力は強烈で本日の晩飯までほとんど何も食べれなかったぴかりんです。
　札幌あたりは連日良い天気のようなのに、苫小牧あたりを境にして天気は下り坂になり、室蘭までくると完全に霧。暑いんだか寒いんだかなんだかよくわからず、湿度だけは異様に高い！　そんな天気が続いています。本番を間近に控えた室蘭オケの練習会場は人が多いこともありまさに蒸し風呂状態。部屋にはいるとメガネが曇る～
　写真はＲＸ－７に乗ったコントラバス。ケースにも入れずむき出しなところがすごいです。それ以前に逆さです。もしも心あるベーシストが見たら怒り狂いそうですが、こうでもしないと積めないようです。許してください。
　楽器運搬の際、『背中ツったぁぁ！！』と思ったら、いまだに痛みが残ったまま。どうやらどこかがどうにかなってしまったようです。明朝無事起き上がれることを願います。
　札幌往復がなかったらなかったでこれまたシンドイ。しかし普段なら今の時間苫小牧あたりをまだ走っていることを考えるとやっぱり楽チンか。
　さてこの辺で、一言叫んで結びとします。


『もう食えねぇぇえー！！』

＠酔 室蘭で過ごすひさびさの週末

　自宅にて。気がついたら２合缶が６本空いてました（ビールの話）。たまに休肝日設けてもこれじゃ意味無いなぁ。しこたま酔いつつ、撮りたまってた映画みたり、チェロ弾き狂ってみたり。幸せな休日。
　本日車に乗せた某後輩との会話。『出身どこだっけ？』→『○○です』。おんなじ質問３回目であることに気がつき、赤面。後輩多すぎるんじゃ！！（逆ぎれ）　笑ってごまかそう。

(*´∀｀*)アハハ

メロンオケ ～楽譜到着、パートはビオラ

　皆様こんばんは。メガテリヤキを食べてお腹いっぱいのぴかりんです。

　昨日メロンオケの楽譜が届きました。開封してみると、ビオラのパート譜が。そういえば申込書の楽器欄に『Violin（またはViola、Celloも可能）』と書いたっけ。これで『自分がコンマス、サイドにＯ師匠』の夢はついえたか……って、そんなのそもそもありえない配置だけど。それはさておき、『うるさい。』と言われるビオラを目標にブリブリ弾きたいと思います。がんばります。気になったら周りの人、誰か止めてください。お願いします。
　入っていた楽譜は、威風堂々、マイスタージンガー、運命の三曲。威風堂々の楽譜は、先日私が菊地先生へ送ったっけ。マイスタージンガーは初めて見る小奇麗な楽譜。どこのオケでも、書き込みいっぱいでかすれた見づらい楽譜使ってますが、こんな版もあるんですね。運命は4楽章全部でした。練習時間足りるかなぁ……
　楽譜の他には日程表[写真]。オケの練習がビッチリ……　飲みすぎると翌日地獄だろうなぁ……　ちゃんと控えないと♪♪
　当日の譜面台をどうするのかが気になるところです。とくに内地組は譜面台いるのといらないのとではかなり負担が違うでしょう。夕張にあるのだろうか？？　たぶん（私が？）室蘭のを運ぶことになるのでしょうが、80人編成だと60本は必要か。去年はバスだったからよかったけど……　つ、積めるかなぁ～

【論】Hastie,2001,Supervised harvesting of express～

Trevor Hastie, Robert Tibshirani, David Botstein and Patrick Brown
Supervised harvesting of expression trees
Genome Biology 2001, 2:research0003.1-0003.12
[PDF][Web Site]

・遺伝子のクラス分け法 'tree harvesting' の提案。Hierarchical clusteringの結果（各クラスタの平均発現量）をフィードバックして再計算。評価関数の値が収束するまで繰り返す。
・データ
1.Diffuse large cell lymphoma (DLCL), 36 patients, 3624 genes [Alizadeh]
2.Human tumor data, 61 samples, 6830 genes [Ross, Scherf]

・提案法「This technique starts with a hierarchical clustering of genes, then models the outcome variable as a sum of the average expression profiles of chosen clusters and their priducts.」
・提案法「The basic method has two components: a hierarchical clustering of the gene expression profiles, and a response model. The average expression profile for each cluster provides the potential features (inputs) for the response model.」

・アルゴリズムがさっぱり理解できず。

告知 ～AcaDemoS2007 （あかでもす）

AcaDemoS2007（Academic Demonstration Stadium 2007）の趣旨
　日頃から勉強・研究で取組んだりあるいは興味をもって調べたりしている学術的テーマの魅力と真髄をデモンストレーション発表／ポスター発表を通じて如何にして第三者に伝えうるか、その技を競うことで、プレゼンテーション能力を高めるとともに自らの勉学の意義を再確認する。

日時：2007年6月16日(土)
　13:00 開会式
　13:15-15:15 一斉発表
　16:00表彰・閉会式
場所：室蘭工業大学 情報工学科　プレゼンテーションルーム（R102室）
入場無料
http://king.csse.muroran-it.ac.jp/~academos/

　大学での学生の勉強発表会開催のお知らせです。去年に続いて二度目。前回は関係者のみの学内行事といった雰囲気でしたが、今回は大々的に宣伝をして広く一般の人にも来てもらおうとのことです。
　催しの特徴は、学会のように堅苦しくない雰囲気で、訪れた人にいかに "見せ" て "伝える" かに重点を置き、また、来場者の投票により順位がつく点です。
　今回は道教育大(岩見沢)からもいくつか発表があるので、工学分野だけではないバラエティに富んだ発表になりそうです。
　ちなみに上記ホームページで使われている写真は私が撮ったもの。そして今回もまた写真係。いつのまにか趣味が一つ増えました。

　室蘭オケの名曲コンサートと日にちが被っているような気がしなくもないが、時間は被っていないので大丈夫。。。

【本】猛スピードで母は

猛スピードで母は, 長嶋有, 文春文庫 な-47-1, 2005年
・数年前、芥川賞をとったときには「室蘭の高校を出た」ということで地元の話題になりましたが、その後音沙汰無く存在を忘れかけていたところ、また先日、大江健三郎賞を受賞したということでまたちょっと話題に上りました。そんな訳で読んでみた。
・『サイドカーに犬』（文學界新人賞）、『猛スピードで母は』（芥川賞）二編収録。懐かしさを含んだ家族のドラマ。正直いって全く期待せずに読み出したのですが、これが思いのほか面白かった。独特のセンスを感じます。室蘭についての記述はモロに地元なので、これが全国の人たちに読まれていると考えるとなんだか変な感じ。「水族館の隣が団地」なんて地元じゃない人には違和感あるでしょうけど、実際ホントに隣は団地だし入場せずにトドが見れるのです。
・「いや、まったく不安を感じなかったはずはない。はじめの数日間は、冷蔵庫をあけるときだけ心細さを感じた。」p.11
・「そのころ私と弟の間では、なぜか麦チョコがはやっていた。買ってくれた大人たちは気付いていなかったが、当時売られていた麦チョコには「ムギーチョコ」と「ムーギチョコ」の二種類があった。気付いたのは弟だ。」p.17
・「洋子さんはちゃんとレジでお金を払った。」p.18
・「二人でいるときの父は無口だった。ぼんやりとしているようにみえるが、近づくとさーっと音がするような気がした。まったくの無我の境地ではなくて、何かを考えつづけているような気配がした。」p.53
・「空はいつも曇っている。慎の暮らすＭ市は北海道の南岸沿いの小都市だが、背後を背の低い山が囲んでいた。だから海から流れてくる雲が停滞しやすいのだといつか先生が教えてくれた。だが慎の印象では低くたれ込めるような曇天ではなく、空全体が白っぽいひんやりとした日が多いように思う。」p.85
・「団地はＭ市の海岸沿いの埋め立て地に立てられた五階建てでＡＢＣ三棟、少しずれながら並んでいる。当てたのはＣ棟の四階の四号室だ。外壁は淡いクリーム色で屋根の色だけ赤青緑と色分けされている。」p.87
・「靴屋では慎はいつも母を苛々させた。　　「ちょうどいい？」と問われても、きついのかぶかぶかなのか、きついのが我慢できるのかできないのか、自分のことなのに自信がもてない。」p.88
・「「『ジルベルトとかぜ』」母は抑揚を付けて朗読するのが苦手だった。「かぜくん、ねえ、かぜくん！」という主人公の台詞の部分と「もちろんかぜは、しっているんだ」という地の文章の部分はまったく同じ調子だった。しかしそのせいで母の朗読は妙な憂いを帯びた。」p.91
・「団地のすぐ近くには市営の水族館がある。（中略）二重の金網越しにだが、入場せずに毎日トドの様子を見ることができる。」p.105
・「「サクラ　メス　三歳　体重推定百キロ」とある。」p.107
・「「なんで」　　「なんででも」母はそういうと両手の平をあわせてみせた。母が珍しく口にした教訓めいた物言いよりも、その手を広げた動作の方が印象に残った。」p.124
・「暗い館内にコの字型に配置された水槽はほとんどに「冷水系」の看板が付けられている。どの魚も地味で垢抜けない。」p.126
・「古い観覧車は窓ガラスもないむき出しのゴンドラで、揺れるときいきいと錆びた音がするのでスリルがあった。」p.128
・以下、解説・井坂洋子『水の面を眺めるように』より「長嶋有は女の人になれる作家であり、子どもにもなれる。」p.164
・「ところで、「サイドカーに犬」は小四の女の子が（父の恋人の）洋子さんという異文化に触れる話。表題作は小学五、六年生の男の子の成長物語だが、長嶋作品をこんなふうにひと言で片づけるのはとても無謀だ。」p.164

《参考リンク》
室蘭水族館のアイドル、トドのサクラ死ぬ 室蘭民報２００６年９月１５日付朝刊より
http://www.muromin.mnw.jp/murominn-web/back/2006/200609/060915.htm

大学公開講座（パソコン教室）無事終了

　大学の公開講座全４回の日程が無事終わりました。といっても昨夜の話ですが。昨夜は晩ご飯をたべる暇がないまま講義に突入し、終わったときはくたくたでした。
　今回の公開講座の趣旨は、インターネットを使ってホームページを見たりメールをやりとりしたり、ワープロを使って資料を作ったりという初歩的なパソコンの使い方から、さらに一歩進んだ使い方を紹介するというものです。具体的な内容は、『"わりと使える" フリーソフトの紹介』といった感じ。その中味を簡単にご紹介～♪

＜第１回 ファイル整理＞
・『超整理法』によりデジカメの画像ファイルを整理する
★リンク作成シェル拡張for Windows 2000/XP
http://www.vector.co.jp/soft/winnt/util/se184746.html

＜第２回 音楽編集＞
・インターネットでダウンロードした音楽を聴いたり、音楽を作ったり
★Winamp：音楽再生ソフト
http://www.forest.impress.co.jp/lib/pic/music/mp3/winamp.html
★Cherry：MIDIシーケンサー、ちょっと取っつきにくい感じ
http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se071842.html

＜第３回 画像編集＞
・デジカメ画像を加工する
★Pixia：Photoshopの簡易版、だいたいこれで用は足りそう
http://www.pixia.jp/

＜第４回 文章作成＞
・体裁を含まない文章そのものの作成について
★MKEditor：テキストエディタ、Wordのように余計な世話は焼かず軽い
http://www.mk-square.com/home/software/mkeditor/
★Sol4.5：アウトラインプロセッサ、KJ法を実現
http://homepage1.nifty.com/knowledge-osmo/

　4日間で撮った写真は約200枚とちょっと少なめ。しかしあまりパシャパシャ撮るのもうるさく感じられるでしょうし、そのへんは気を遣いました。やっぱりコンパクトデジカメと比べて一眼デジカメはいいですね～　欲しくなってきた。。。