ゴミの山は宝の山？？

　写真は、粗大ゴミ収集日直前のゴミ捨て場。パソコン、モニタ、プリンタ、冷蔵庫、机、椅子、ロッカーなどなど。いったいどこにこんなにあったの！？　というほど出てきます。特に今回は建物の改修工事が入る関係で量が多い！　ほどなく、どこからともなくドライバーを手にした学生さんがポツポツと現れ、パソコンを解体しパーツを物色。以前なら、パソコンを棄てるときは、ハードディスク、メモリ、各種ドライブ、各種カード、果てはジャンパピンに至るまで引っこ抜いて保管または再利用し、棄ててあったらあったで必ずパーツをチェックしたものですが、最近はサッパリそこまでしなくなってしまいました。結局、今回はカラーボックスを二つゲットしたのみ。
　まだまだ使えそうなものがたくさんあり、もったいない気がするのですが……どうにもならないですね……少しでも拾われて再利用されることを望みます。パーツ漁りは雨が降るまでが勝負。

【論】Smyth,2003,Normalization of cDNA Microarray ～

Gordon K. Smyth and Terry Speed
Normalization of cDNA microarray data.
Methods 31, 265-273. (2003)
[PDF][Web Site]

・cDNAマイクロアレイデータの正規化法の紹介。

・正規化とは「Normalization means to adjust microarray data for effects which arise from variation in the technology rather than from biological differences between the RNA samples or between the printed probes.」
・「Normalization is usually applied to the log-ratios of expression, which will be written M = log₂R - log₂G. The log-intensity of each spot will be written A = ( log₂R + log₂G) / 2, a measure of the overall brightness of the spot.」
・「It is convenient to use base-2 logarithms for M and A so that M is units of 2-fold change and A is in units of 2-fold increase in brightness.」
・論文の概要「The plan of this article is as follows.
Section 2 describes diagnostic plots to visualize intensity and spatial trends.
Section 3 describes the basic normalization method, print-tip loess normalization, designed to adjust for intensity and spatial trends.
Section 4 describes composite loess normalization in which use is made of control spots known to be not differentially expressed.
Section 5 considers normalization for other trends, in particular, correcting for print-order effects.
Section 6 describes scale normalization between arrays.
Section 7 describes the use of spot quality weights
Section 8 gives detailed commands to implement the normalization techniques using freely available software.」