今週の細々したこと 2008.8.3(日)～8.9(土)

皆様こんばんは。本日も写真を撮りに森に入り顔面だけで二ヶ所蚊に喰われたぴかりんです。

●8/3(日)
・携帯電話ネットワーク不調
　突如として、携帯のメールやインターネットがつながらない現象が頻発。電源の入れ直しか、5分ほど時間をおくことで復旧はするが、いざという時にメールが飛ばなかったりするとイライラがつのる。問題は端末かサーバ側か不明。しかし、後日症状が出なくなったところをみると、サーバの可能性が高そう。

【練】函館日帰り 400km
　今年もまた函館オケのシーズンが。いつもは1月演奏会で命がけで函館まで往復していたところ、今年は8月なので移動がかなり楽ちん。この日は時おり強い雨が降るイマイチの天候。そして、窓を閉め切った小学校の音楽室は曲は蒸し風呂状態。曲はベト7、チャイコ・ロメジュリ、コウモリ序曲ほか。パートはVn2で、この日の隣は室蘭ジュニアオケの元団員の女の子。引っ越した先でもオケを続けてくれるのは嬉しいことです。全体的にゆったりテンポで、初参加の自分としては弾きやすくてありがたいが、いくらなんでもこれは遅すぎると感じる場面もあり。これまでは決して「遅く振る指揮者」ではなかった気がするのですが、何か心境の変化でもあったのでしょうか。ここだけの話ですが、実はアンコールが一番難しかったりします。

●8/4(月)
・謎のエラーメール
　「次のあて先へのメッセージはエラーのため送信できませんでした。」云々のエラーメールが携帯に入る。宛先が「○○@ezweb.ne.jp」になっているが全く身に覚えのないアドレス。DMの新たな手口かとも思ったがそれも不自然で、どうにも理解不能な現象。メールの混線？？　先日のネットワーク不調と何か関係が？

・室蘭快晴
　それまでの憂さを晴らすかのような、とんでもなく良い天気。暑い。

●8/5(火)
・晴天
　今日も暑い！

●8/6(水)
・掃除人
　毎年、どこからともなく現れる謎のおばあちゃん。私の住んでいるアパートの草取りをしてくれます。この日も朝出かけるときには既に作業に取りかかり、昼食に戻ってきたときにはアパートの周囲がびっくりするほどキレイになっていました。感謝！

・『居酒屋 遊』8/20閉店予定
　工大オケの後輩より夜中の10時ごろに、飲みの呼び出し。普段なら断るところですが、事情が事情なので『遊』に急行。テスト期間のサークル休眠中にもかかわらず10名ほどわらわらと集まる。0時までには帰るつもりが、たまたま居合わせたＩ先生とサークルのメンバーが私の他に2名残り、マスターも含めてすっかり深酒モード。日本酒にすっかりやられてしまいました。

●8/7(木)
・思考停止
　二日酔い、のせいだけではなく、全く論文に手がつかない思考停止状態。ただ時間だけが無駄に過ぎていく。

●8/8(金)
・缶ゼリー初体験
　いつもよく利用する自販機で前々から気になっていたが手の出せなかった、『みかんゼリー』を初めて購入。「5回以上強く振って下さい」の記述を見て振れば振るほど美味しくなると思い込んだ私は気合を入れてたくさん振りました。しかし、振った分だけゼリーが崩れてジュースに近づくだけだったというオチ。

・振替え休日
　先週の休日出勤の振替休日をこの日にとった。気合を入れて論文をやるつもりが、底なしの写真撮影旅行に。全く意志薄弱のダメダメ。

●8/9(土)
・墓参り
　年に一度の恒例家族行事。洞爺にての墓参り。1年ぶりで会う親戚達は皆元気。「太ったね」　言われると思った。親戚宅で新たにネコを飼い出した。老人夫婦のみのちょっと寂しい家だったところ、ネコが来たおかげであれこれ文句をたれつつも家が明るくなったようです。名前は「ルミ子」ちゃん。その発想は一体どこから？！　寺へお参り → ファミレスで食事 → 車を使った日常品の買出し、のいつものパターン。親戚の一人より携帯電話購入の相談が。79歳にして初携帯。う～～む。そばにいて、ちょこちょこ教えてあげられればよいのですがそういう訳にもいかず。しかし、チャレンジするのは良い事だと購入を勧めておきました。

・晴天続き
　今週は今までの分を取り返すかのような晴天続き。

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しばらく放置していたので、ここいらでちょっとテコ入れを。

【論】Sartor,2006,Intensity-based hierarchical Bayes～

Maureen A Sartor, Craig R Tomlinson, Scott C Wesselkamper, Siva Sivaganesan, George D Leikauf and Mario Medvedovic
Intensity-based hierarchical Bayes method improves testing for differentially expressed genes in microarray experiments
BMC Bioinformatics 2006, 7:538
[PDF][WebSite]

・遺伝子抽出法としてIBMT (Intensity-based Moderated T-static)を提案する。
・人工データ：Single channel microarray, 6サンプル
・実データ
1.Controlled spike-in dataset [Choe]
2.HG-U133 latin-square spike-in dataset
3.MEF Ahr dataset
4.Nickel exposure dataset
・比較法
1.t-test
2.Fold change
3.SMT (Smyth's moderated T-statistic)
4.IBMT
5.Fox (Fox's method)
6.Cyber-T
・抽出した遺伝子の評価法
1.FDR (False Dicovery Rate) → サンプル識別を評価
2.EASE (Expression Analysis Systematic Explorer) → GOを使った評価
・IBMTのRソースコードはHPで公開中。

・問題点「However, it does not utilize the relationship between variances of expression level measurements and their magnitude.」
・結果「As expected, the empirical Bayes method that does not account for the relationship between the variance and the magnitude of expression measurements tends to underestimate the prior degrees of freedom, especially for larger d₀ values.」
・結果「We demonstrated that incorporating information about the dependence of the variance of genes on expression intensity level can improve the efficiency of the Empirical Bayes moderated t-statistics, and that properly estimating the prior degrees of freedom is important in estimating the true proportion of false positives.」