今週の細々したこと 2008.8.10(日)～8.16(土)

皆様こんばんは。給油の警告灯が点灯してからドキドキしながら約70km走行したぴかりんです。

●8/10(日)
・遅遅として進まず
　論文英語原稿にようやく手がついた。とっかかってみて想像以上の困難な作業であることが判明。絶望的な道のり。

・久々に洗車
　最近山道を行くことが多くなり、すっかり泥だらけなので久々に洗車に行く。

●8/11(月)
【練】根も葉もない噂
　室蘭オケ練習に向かう途中、楽器ケースを抱えた某団員をバス停に発見。いつもは車のはずなのに？　と車を停めると、駈け寄って来た。車に乗せて話を聞くと、帰省中の息子さんが無断で家の車に乗って旅に出てしまったとのこと。それはさておき、その車中の会話にて、「たまたま会った○○さんがこないだ言ってたんだけど……」「ぴかりん君が△△さん（室蘭オケ某団員）と同棲してるって……それは無いわ、って否定しておいたけどね（笑）」　

確かに、　そ　れ　は　無　い　わ　。

人というものは、とんでもない噂話を作り出すものだなぁ、とびっくりしたという話でした。全然練習とは関係ありませんが。

●8/12(火)

●8/13(水)
・大学夏季休業日
　この日より三日間、大学は夏季休業。強制的に休暇。休んでいる場合じゃないと思いつつ、写真を撮りに秘境を歩き、食べて歩き。

●8/14(木)
・ブックオフ巡り
　休業二日目はブックオフ巡り。3店周って、文庫8冊、新書5冊、雑誌1冊ゲット。一時期ほどの情熱は衰え、本に対する反応が鈍い。

●8/15(金)
・遅遅として進まず
　ふと気がついた、論文が進まない理由の一つ。「先のことを考えすぎる」　園芸用のシャベル一本渡されて、「これで土をすくって一人で洞爺湖を埋めろ」と命令されているかのような絶望感。いわゆる『天才』と呼ばれる人たちは苦も無く取りかかるのだろうが、凡人としては躊躇してしまう。後の事は考えずに、まずは取り掛かること。

●8/16(土)
・折りたたみ椅子購入
　以前実家で使っていたパイプ椅子が壊れてしまい、代わりのイスはないかと窺っていたところ、先日某所で見つけたイスに一目惚れし、三千円弱で購入。なかなかいい感じ。座面が色違い（赤）のもあって迷ったけど、一緒に買った方がよかったかな？

・ガソリンの違い？
　室蘭から札幌への移動中、給油を忘れていた事に気づく。いつものオカモトセルフは近所に無いのでとりあえず目についたJOMOで給油。すると、気のせいか車の反応が妙に良い。自分のイメージ通りに操作できる感覚。ガソリンスタンドによってガソリンの組成は多少異なるので、車の挙動も変わるのも無い話ではないとは思いますが、単なる気のせいか？　本当に変わっているとしたら値段をとるか、運動性能をとるか、難しいところ。

・本日の実家のツマミ
　実家に帰宅するも長電話中でしばらく放置された後に出てきたツマミ。手前から、酢豚（のような物）、糸コンニャクとゴボウの煮物、タコと大豆の煮物。後からプチトマトの甘酢漬け追加。更にはシソの葉の煮込み作業を開始。何を作ってるんだか知らないがシソ臭くてたまらん。
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【論】Liu,2006,Probe-level measurement error improve～

Xuejun Liu, Marta Milo, Neil D Lawrence and Magnus Rattray
Probe-level measurement error improves accuracy in detecting differential gene expression
Bioinformatics 2006 22(17):2107-2113
[PDF][WebSite]

・遺伝子抽出の精度には、（通常無視される） Probe-level measurement が影響しているので、これを考慮に入れたオリジナルの Baysian hierarchical model を提案する。この方法はPPLR (probability of positive log-ratio)に基づく。
・データ
1.Golden spike-in dataset（人工データ）[Choe,2005]
2.A real mouse time-course dataset（実データ）[Lin,2004]
・比較法（お互いに計算上関連している）
1.MAP (maximun a posteriori) approximation
2.オリジナル法 Variational method
3.MCMC (Markov chain Monte Carlo)

・問題点「(1) Microarray experiments are associated with low precision probe-level measurements, especially for weakly expressed genes (probe-level measurement error).
(2) The small number of replicates makes it difficult to obtain an accurate variance estimate for each gene across replicates (between-replicate variance).」
・概要「We have presented an approach using probe-level measurement error in order to improve the detection of differential gene expression and compared three different computation methods, MAP approximation, a variational method and MCMC, to solve the intractability in the model owing to the incorporation of probe-level measurement error.」