【論】Liu,2006,Probe-level measurement error improve～

Xuejun Liu, Marta Milo, Neil D Lawrence and Magnus Rattray
Probe-level measurement error improves accuracy in detecting differential gene expression
Bioinformatics 2006 22(17):2107-2113
[PDF][WebSite]

・遺伝子抽出の精度には、（通常無視される） Probe-level measurement が影響しているので、これを考慮に入れたオリジナルの Baysian hierarchical model を提案する。この方法はPPLR (probability of positive log-ratio)に基づく。
・データ
1.Golden spike-in dataset（人工データ）[Choe,2005]
2.A real mouse time-course dataset（実データ）[Lin,2004]
・比較法（お互いに計算上関連している）
1.MAP (maximun a posteriori) approximation
2.オリジナル法 Variational method
3.MCMC (Markov chain Monte Carlo)

・問題点「(1) Microarray experiments are associated with low precision probe-level measurements, especially for weakly expressed genes (probe-level measurement error).
(2) The small number of replicates makes it difficult to obtain an accurate variance estimate for each gene across replicates (between-replicate variance).」
・概要「We have presented an approach using probe-level measurement error in order to improve the detection of differential gene expression and compared three different computation methods, MAP approximation, a variational method and MCMC, to solve the intractability in the model owing to the incorporation of probe-level measurement error.」

【食】キッチン ウフロワ [洋食＠苫小牧]

キッチン ウフロワ[洋食＠苫小牧][HomePage][Yahoo!グルメ]
2008.7.30(水)11:35入店（初）
注文 モッチリラバーグセット 1280円

　　
・苫小牧の港方面。有名店のマルトマ食堂より海岸線に平行に走る道を進み、500mほど中心部寄りのセブンイレブンの裏側にあります。少々年季を感じさせるアパートの一階。

・アパートの裏手に回ると5台分ほどの駐車スペースがあります。
　
・店内はマンガ本が並んでいたりと庶民的で、どちらかというと喫茶店寄りの雰囲気。イス席4卓とカウンター4席。

・初めて訪れる者にとってはとっても把握しづらいメニュー表で、散々迷った末、謎の言葉「モッチリラ」にひかれてこちらのメニューに決定。

・ハンバーグの上に乗っているのがモッチリラ（モッツァレラ？）です。スプーンで切ろうとするとけっこう固く、食べてもほとんど味がしてきません。チーズなのだろうとは思いますが、謎の物体。ハンバーグの方は肉の密度が薄くて柔かい食感です。どこか懐かしさを感じさせる味。

・卵がややトロトロのオムライス。甘くて優しい卵の味。
　
・セット（+250円）のサラダと卵スープ。

　　　

▲閉店【食】そば処 葵 [和食＠札幌]

▲閉店 2019年3月閉店 [2022.6.23記]
そば処 葵（そばどころ あおい）[和食＠札幌][Yahoo!グルメ]
2008.7.27(日)17:05入店（初）
注文 そば定食(冷そば) 800円

　
・札幌市ひばりヶ丘付近の国道274号線沿い、馬場公園よりちょっと上野幌側にあるお店。
　
・店内はイス席9卓と8人がけの座敷テーブルが5卓。最大70名ほど収容できる計算です。

・夜の部の最初の客だったせいか多少（15分ほど）待たされました。そばとご飯が両方味わえてお得～♪ と気軽に注文したのですが、ふと壁に貼ってある紙を見ると『そば定食 ボリューム満点！』の文字が。これはひょっとしてヤバイものを頼んでしまったかとドキドキしつつ待っていると、ついにそれは姿を現しました。
　　　
・ほぼフルサイズのお弁当。おかずは魚のフライ、シューマイ、ギョウザ、ウインナー、卵焼き、豆腐、などなど。ご飯には塩がふりかけてあります。

・そして問題のそば。具は天カスと長ネギ。パッと見は普通に見えますが、箸を入れてみてびっくり。「なんじゃこの量はー！！」　丼にみっちりと入ったそばは、通常店の倍はありそうです。ツユは甘口。テレビ塔下のそば屋『大番』を思い起こす量と味です。

・完食するのはとても無理！ と早々にあきらめ、とりあえず弁当だけは全てたいらげ、残る力を持ってそばに挑む。最後の方はそばを一本ずつ口へ運ぶも、半分ほど食べたところで力尽きました。記憶にある限り、【外食記録】をはじめてから、宴会などを除き、多くて食べきれなかったというのは初めてではないでしょうか。「出された物は残さず食べる」が信条の私としてはショックでした。かと言ってリベンジする気にはなれない量です。完敗。
・店舗の隣の敷地には『第2駐車場』の看板が。結構人気のお店のようです。

　

【写】親水公園（白老）

●親水公園（白老） 撮影日 2008.7.12(土) [Yahoo!地図]
・「あの踏切の向こうには何があるのか？」　日頃の疑問を解決すべく、ちょっと寄り道。虎杖浜（白老）を走る国道36号線、登別マリンパークそばのトンネルを抜けて最初の信号を内陸側へ。

・踏切を越えてすぐのところにある案内板。表示はかなりアバウトです。周辺はほとんどが農家。

・さらにちょっと進むと『親水公園』という看板が。後ろに見える建物は水道関連施設のようです。

・まずは看板のそばにある、どこへ続くとも知れぬ砂利道を徒歩で探検。
　
・車一台分の幅の上り坂。所々、道の真ん中にクモの巣の罠が。ほとんど誰も通らない道のようです。
　
・行けども行けども先が見えず、一体どこへ続くのか？　これなら車で登ってこればよかったと後悔。
　
・15分ほど登ると、先が開けて何かの施設がありました。これも水道関係？　木々の間から下の様子がちょっとだけ見えます。ここで元来た道を引き返す。
　
・先ほどの看板のある広場まで戻り、今度は建物の裏側へ続く道を奥へ。
　
・突き当りには『カネシメのもり たらこ家虎杖浜』の看板と木の柵が。柵の向こうは季節が来れば花見でもできそうな雰囲気の広場です。

・振り返るとちょっとした池があります。これが『親水公園』の様子。そう広い公園ではありません。

・その脇の石には『カムイワッカ　神の水』の文字があり、すぐ傍には水の湧き出口があります。
　
・周辺をウロウロしている間に、次から次へとポリタンクを手にした人たちが車で訪れ、水をくんでいました。個人的に飲むだけでなく、飲食店などでも使うのかなという雰囲気です。私は初めて知った場所ですが、周辺では結構有名な場所なのでしょうか。
　　
・水は非常にきれいです。で、やはり虫が多い。虫と闘いながらの撮影。
　
・水辺の花。左：何という名前か分かりませんが、毒々しくも立派な花。右：ちょっと赤みがかった忘れな草。
　
・池には小魚がたくさん泳いでいました。

・苔むした木。

【食】Restaurant Bayern [洋食＠壮瞥]

Restaurant Bayern（レストラン バイエルン）[洋食＠壮瞥][HomePage][食べログ.com]
2008.7.26(土)12:05入店（初）
注文 ビーフシチューセット 1575円


・昭和新山から洞爺湖畔へ降りる道路沿い、湖畔より300m程登った所にあるお店。三角屋根が印象的な建物です。その前を通る人にとっては、気になる建物ではないでしょうか。そんな、気になる建物に初潜入。
　
・建物に書かれた店名が、そのフォントのおかげでこの日までずっと『Boyern』だとばかり思っていました。『ボヤーン？？ って一体なんだろう？』　店に入り、メニューを開き、『Bayern（バイエルン）』だったことを知り、衝撃を受ける。どうりでネットで情報が見つからないはずだ。。。
　　
・店内はなかなか落ち着いた雰囲気で、昔ながらのレストランといった感じ。BGMはJazz。イス席が10卓以上ありますが、お客さんの姿はまばら。
　
・窓からは昭和新山が見えます。
　
・四人組の先客の直後に入ったせいで、結構待たされました。タイミングが悪かった。調理人はどうも一人しかいないようです。

・ビーフシチューセット（1575円）：待つこと約25分。やっと出てきました。待った甲斐あって、美味しそう。

・ご飯。
　
・つけあわせいろいろ。ポテトサラダの隣の団子は何かと思ったらニョッキでした。他は野菜少々。

・正直言って何の期待も無く入ったお店でしたが、ここまで美味しいものが食べられるとは思っていませんでした。牛肉特有の何とも言えない酸味があり（ふりかけてある粉チーズとはまた別）、唾液がじゅわーっと湧き出てきます。どこかでしっかりとした修行を積んできたプロの調理人が作った料理という印象。量も適量。

・食後のコーヒー。エグ味あり。
・メニューを見渡すと、全体的にやや高目の観光地料金設定。値段相応の美味しさではあると思いますが、あと200円安ければ……受ける印象はまたかなり違ってくると思います。

　　　
　　　
　　　

【食】restaurant Banquet [洋食＠札幌]

restaurant Banquet（レストラン バンケット）[洋食＠札幌][HomePage][食べログ.com]
2008.7.21(祝月)17:50入店（初）
注文 スペシャルコース 3675円 ＋α

・「今度、一緒に食事に行きましょう」　そんな声を掛けてくださる奇特な(?)方が現れたので、私なんかでいいのでしょうかと思いつつ、適当なお店を見繕い、食べに行ってきました。これもブログのおかげ？？
　
・住所は札幌の南4西18。西20丁目通り沿いの『ヴィクトリアステーション』（ファミレス）のそばに立つ小さなビルの1階です。建物を向いて右側から裏に回ったところに駐車場が数台分あり。

・店には予定よりちょっと早めに到着。夜の部は18時からですが、中にいた店員さんに聞いてみると「どうぞ～♪」と入れてもらえました。
　　
・店内はそう広くなく、二人がけのテーブルを中心に7卓ほどと、実際に使っているのかどうか分からないカウンター席が4席。
・メニューはかなり豊富で、目移りしてしまって選べないのでおまかせコースを頼みました。料金は3675円からで値段が上がっても量的にはそう変わらず、使う食材の値段が上がるだけ。そして、「一番安い料金でも料理は美味しいですよ♪」とのことなので、最低料金で様子見。注文の際、苦手な食材を申告。私の場合ウナギ以外はOKです。
　
・トマトとメロンの冷製スープ。緑色はバジルのソースです。トマトとメロン？？ 混ぜると一体どんな味がするのかと食べてみると……ズバリ、キュウリ味！

・自家製パン。おかわり可能。
　
・自家製スモークサーモン・ジャガイモのワッフル添え。サーモンの上にはキャビア、下にはズッキーニやカブなどの野菜。ワッフルは見た目にだまされますが、口に入れるとまさにジャガイモ。
　
・エスカルゴとイカとインカのめざめ（じゃがいも）の炒め物。エスカルゴを口にするのは初めてかもしれません。刻んであって原形をとどめていないので、特に抵抗無く食べられました。味は・・・・・ツブ貝？？
　
・黒頭カレイのポワレとジャガイモソース。上に乗っているのはゴボウ、下にはホウレン草。
　
・鴨肉のメンチカツ。今回のヒット。ナイフを入れると肉汁がジュワーっと。ロールキャベツの肉のような味がついていました。単なる挽肉だけではなく、スープを染み込ませてあるようです。

・メンチカツと同時に出てきたジャガイモのグラタン。
　　
・コース料理とは別にチーズが出てきました。チーズのことはさっぱり分かりませんが、味見で二種類とってもらいました。本来ならワインと一緒に楽しむのでしょうが、残念ながら今回はワイン抜き。
　
・千歳産梅村農園のルバーブとイチゴのグラタン・ショコラ風味。デザートは3種類くらいの中から選択。こちらは同席の方が注文した品。グラタンと言うのだからアツアツなのかと思ったら、冷たいお菓子でした。
　
・果物とシャーベットのパフェ。
　
・食後のコーヒーと、お茶うけのマシュマロ。
　
・ふと気が付くと、既に日はとっぷりと暮れ、たくさんいたお客さんの姿もまばらに。時計を見るともうすぐ9時。実に3時間近くもいたことになります。料理の出てくるペースはかなりゆっくりでした。
・食べ終わってみると、かなり満腹。とにかく野菜をたくさん食べたという印象が残ります。また、どの料理も一ひねり加えた大人の味という印象も。これに脳天ブチ抜くような味の豪快さが加われば……と思わないでもないですが（もっと金出さなきゃダメ？？）、人に自信を持ってオススメできる優良店であることには間違いありません。
・帰り道、裏の駐車場までの照明が無く、真っ暗闇を水溜りに落ちないようソロリソロリと進まなくてはなりませんでした。これはどうにかならないものか。

　

【写】アヨロ海岸（白老）

●アヨロ海岸（白老） 撮影日 2008.7.12(土) [Yahoo!地図]
・最近は車を運転中、見慣れぬ看板を見つけるとそれに従って道を外れてしまう習性が身に付きつつあります。今回もどんな場所だか知らぬまま、ちょっと寄り道。

・こちらは登別と白老の境目付近。登別マリンパーク前を横切り、トンネルに入るちょっと手前で海岸側に右折するとこんな看板が。『アヨロ海岸 0.8km』　聞いた事のない地名です。そう遠くはなさそうなので、ちょっと探検。
　
・道（旧国道？）を折れると、いきなり砂利道。かろうじて乗用車がすれ違えるほどの道幅。
　
・ちょっと進むと道と平行して沢になっていて、下の方に小さな水の流れが。『ポンアヨロ川』と言うらしい。この先、道幅は狭くなり、完全に車一台分のすれ違い不可の幅に。
　
・しばらく進むと道の先が開け、目の前には海が！　10台くらいは停められそうな駐車スペースがあり、既に先客が5台ほどいました。
　
・先ほどの渓流がこちらの浜に流れこんでいるようです。
　
・浜ではバーべキューをする家族づれや、川や海で水遊びをする子供たちの姿が。地元民だけが知る秘密のプライベートビーチといった雰囲気です。こんな場所があったとは。
　
・砂浜を散歩。なかなか良い景色です。
　
・灯台。
　
・この辺りの海は遊泳禁止。ちょっともったいない感じ。

【食】Mia Angela 大丸札幌店 [洋食＠札幌]

Mia Angela 大丸札幌店（ミア・アンジェラ だいまるさっぽろてん）[洋食＠札幌][HomePage][食べログ.com]
2008.7.19(土)11:10入店（初）
注文 知内産 塩水ウニの冷たいカッペリーニ 1554円 ＋ パスタセット（前菜・デザート・ドリンク）1050円 合計2604円

・某ブログの記事にて紹介されていた『ウニパスタ』。これは是非食べてみたい！ という訳で行ってきました。
　　
・JR札幌駅そばのデパート、大丸8階のレストラン街の一角にあるお店。イタリア料理のチェーン店『クッチーナ』の系列店です。店先の廊下には待ち客用のイスがズラリと並び、ご飯時の混雑ぶりが窺えます。
　　
・混まないうちに早めの時間の入店。案内された席は仕切りの深い、落ち着いた雰囲気の席でした。
　
・待ち時間中に、雰囲気の良い写真が撮れないかと試行錯誤。右はナイフに指が写ってしまった失敗例。まだまだ修行が必要。

・パスタだけでは物足りないので、プラス1050円でパスタセットを追加。
　　　
・本日の前菜3品盛り合わせ。トマトとチーズ。鴨肉。ブロッコリーとチーズ。店員さんが丁寧に説明してくれたような気もしますが右から左へ抜けてしまいました。

・メインの『知内産 塩水ウニの冷たいカッペリーニ』　量は控え目。パスタは目測70g。
　
・もちろん、『ウニパスタ』なるものは初めて！　……と書こうと思ったら過去食べていたことを思い出しました。高級食材とあって、それがパスタの上にドーンと乗っているだけで幸せな気分になります。味の方は、どこか『和風』を感じさせ、想像したよりもウニの甘味はおとなしめで、塩味がやや勝ち気味な印象です。メニューの説明書きの「「塩水ウニ」は、ウニ特有の苦味・臭みがなく」の言葉がありますが、そもそもウニ特有の風味が苦手じゃない人間にとっては少々物足りなく感じてしまい、かえって「ウニは苦手」という人の方が受けが良いかもしれません。他に温度やウニの種類なども影響しているのかとも思います。ウニを使った料理の一つとして「こういうのもアリか」と参考になりましたが、果たしてこれが最上のウニの味わい方かというと……もしも、「もう一皿おかわりできますよ？」と聞かれたら、「次はホカホカご飯でお願いします！」
・尚、こちらのメニューは期間限定のため、おそらく今年はもう終ってしまったのではないかと思います。また来年～

・食後のコーヒー。パスタを食べ終わったと思ったら間髪入れずに出てきました。監視カメラで行動を逐一チェックされているのではないかと思えるほどのすごいタイミング。客の回転を少しでも早めるためか、皿を出すタイミングにはかなり神経を使っているようです。
　
・デザートの自家製ティラミス。「ティラミス（の定義）って何だったっけ？」と思わず考えてしまった、スポンジ成分はほぼゼロでほとんどがクリーム成分のケーキ。美味しかったので、別にどうでもいいことですが。
・メニュー表について、通常メニューの他に追加のメニューが新聞のチラシのようにパサパサと挟まれていて繁雑に感じました。今回は『ウニパスタ』決め撃ちだったのであまり迷いませんでしたが、そうでなければメニューをあれこれひっくり返してしばらく時間がかかったのではないかと思います。場合によってはその時間が楽しかったりもしますが、客の回転を早めるという観点からは、全メニューを一冊に束ねるなり、「今日はこれを食べときゃ間違いない！」というオススメメニューを強調するなど、工夫の余地はありそうです。

　　　
　　
　　　
　　　

今週の細々したこと 2008.8.3(日)～8.9(土)

皆様こんばんは。本日も写真を撮りに森に入り顔面だけで二ヶ所蚊に喰われたぴかりんです。

●8/3(日)
・携帯電話ネットワーク不調
　突如として、携帯のメールやインターネットがつながらない現象が頻発。電源の入れ直しか、5分ほど時間をおくことで復旧はするが、いざという時にメールが飛ばなかったりするとイライラがつのる。問題は端末かサーバ側か不明。しかし、後日症状が出なくなったところをみると、サーバの可能性が高そう。

【練】函館日帰り 400km
　今年もまた函館オケのシーズンが。いつもは1月演奏会で命がけで函館まで往復していたところ、今年は8月なので移動がかなり楽ちん。この日は時おり強い雨が降るイマイチの天候。そして、窓を閉め切った小学校の音楽室は曲は蒸し風呂状態。曲はベト7、チャイコ・ロメジュリ、コウモリ序曲ほか。パートはVn2で、この日の隣は室蘭ジュニアオケの元団員の女の子。引っ越した先でもオケを続けてくれるのは嬉しいことです。全体的にゆったりテンポで、初参加の自分としては弾きやすくてありがたいが、いくらなんでもこれは遅すぎると感じる場面もあり。これまでは決して「遅く振る指揮者」ではなかった気がするのですが、何か心境の変化でもあったのでしょうか。ここだけの話ですが、実はアンコールが一番難しかったりします。

●8/4(月)
・謎のエラーメール
　「次のあて先へのメッセージはエラーのため送信できませんでした。」云々のエラーメールが携帯に入る。宛先が「○○@ezweb.ne.jp」になっているが全く身に覚えのないアドレス。DMの新たな手口かとも思ったがそれも不自然で、どうにも理解不能な現象。メールの混線？？　先日のネットワーク不調と何か関係が？

・室蘭快晴
　それまでの憂さを晴らすかのような、とんでもなく良い天気。暑い。

●8/5(火)
・晴天
　今日も暑い！

●8/6(水)
・掃除人
　毎年、どこからともなく現れる謎のおばあちゃん。私の住んでいるアパートの草取りをしてくれます。この日も朝出かけるときには既に作業に取りかかり、昼食に戻ってきたときにはアパートの周囲がびっくりするほどキレイになっていました。感謝！

・『居酒屋 遊』8/20閉店予定
　工大オケの後輩より夜中の10時ごろに、飲みの呼び出し。普段なら断るところですが、事情が事情なので『遊』に急行。テスト期間のサークル休眠中にもかかわらず10名ほどわらわらと集まる。0時までには帰るつもりが、たまたま居合わせたＩ先生とサークルのメンバーが私の他に2名残り、マスターも含めてすっかり深酒モード。日本酒にすっかりやられてしまいました。

●8/7(木)
・思考停止
　二日酔い、のせいだけではなく、全く論文に手がつかない思考停止状態。ただ時間だけが無駄に過ぎていく。

●8/8(金)
・缶ゼリー初体験
　いつもよく利用する自販機で前々から気になっていたが手の出せなかった、『みかんゼリー』を初めて購入。「5回以上強く振って下さい」の記述を見て振れば振るほど美味しくなると思い込んだ私は気合を入れてたくさん振りました。しかし、振った分だけゼリーが崩れてジュースに近づくだけだったというオチ。

・振替え休日
　先週の休日出勤の振替休日をこの日にとった。気合を入れて論文をやるつもりが、底なしの写真撮影旅行に。全く意志薄弱のダメダメ。

●8/9(土)
・墓参り
　年に一度の恒例家族行事。洞爺にての墓参り。1年ぶりで会う親戚達は皆元気。「太ったね」　言われると思った。親戚宅で新たにネコを飼い出した。老人夫婦のみのちょっと寂しい家だったところ、ネコが来たおかげであれこれ文句をたれつつも家が明るくなったようです。名前は「ルミ子」ちゃん。その発想は一体どこから？！　寺へお参り → ファミレスで食事 → 車を使った日常品の買出し、のいつものパターン。親戚の一人より携帯電話購入の相談が。79歳にして初携帯。う～～む。そばにいて、ちょこちょこ教えてあげられればよいのですがそういう訳にもいかず。しかし、チャレンジするのは良い事だと購入を勧めておきました。

・晴天続き
　今週は今までの分を取り返すかのような晴天続き。

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しばらく放置していたので、ここいらでちょっとテコ入れを。

【論】Sartor,2006,Intensity-based hierarchical Bayes～

Maureen A Sartor, Craig R Tomlinson, Scott C Wesselkamper, Siva Sivaganesan, George D Leikauf and Mario Medvedovic
Intensity-based hierarchical Bayes method improves testing for differentially expressed genes in microarray experiments
BMC Bioinformatics 2006, 7:538
[PDF][WebSite]

・遺伝子抽出法としてIBMT (Intensity-based Moderated T-static)を提案する。
・人工データ：Single channel microarray, 6サンプル
・実データ
1.Controlled spike-in dataset [Choe]
2.HG-U133 latin-square spike-in dataset
3.MEF Ahr dataset
4.Nickel exposure dataset
・比較法
1.t-test
2.Fold change
3.SMT (Smyth's moderated T-statistic)
4.IBMT
5.Fox (Fox's method)
6.Cyber-T
・抽出した遺伝子の評価法
1.FDR (False Dicovery Rate) → サンプル識別を評価
2.EASE (Expression Analysis Systematic Explorer) → GOを使った評価
・IBMTのRソースコードはHPで公開中。

・問題点「However, it does not utilize the relationship between variances of expression level measurements and their magnitude.」
・結果「As expected, the empirical Bayes method that does not account for the relationship between the variance and the magnitude of expression measurements tends to underestimate the prior degrees of freedom, especially for larger d₀ values.」
・結果「We demonstrated that incorporating information about the dependence of the variance of genes on expression intensity level can improve the efficiency of the Empirical Bayes moderated t-statistics, and that properly estimating the prior degrees of freedom is important in estimating the true proportion of false positives.」