細川家は早々に駆けつけ、高杉晋作引き入る毛利軍に手痛い打撃を与えた。しかし諸藩が出陣をためらい、小笠原長行が将軍家茂の訃報を聞き蒸気鑑で大坂へ逃げ出した。肥後藩も毛利藩との戦いを避けて兵を引揚げた為、小倉藩小笠原家は独自の戦いを余儀なくされ、小倉城を自焼直前に亡くなった藩主の一族や藩士家族は細川藩を頼って逃避行の果て、熊本で保護された。一時期小倉の地は長州藩の管理する所となった。豊前小倉・小笠原家も老中・小笠原長行も先祖を辿ると、小笠原秀政へと至る。秀政の娘婿である細川忠利の10代目の子孫・韶邦が、小倉小笠原家の面倒を見た。
細川家家臣の※小笠原氏(多宮家)、※溝口氏も小笠原一族である。膨大な枝葉を広げた一族である。
徳川家康---信康
∥-------登久姫
織田信長---徳姫 ∥-----+---●松平(蜂須賀)阿波守至鑑室
小笠原秀政 | 初代
+--忠脩---長次・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・→中津藩
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+--忠眞・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・豊千代丸・・→小倉藩
| 肥後細川藩で保護
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| 細川忠興・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・韶邦・・→肥後細川藩
| ∥
+---●保壽院
| 老中・第二次長州征討指揮
+---忠知---+--忠矩--長重・・・・・・・・・・・長行・・→唐津藩
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| +--忠定---+---長卿
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| +--長賢・・・※細川家家臣・小笠原家
| 松平 初代
+---重直---英親・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・→杵築藩
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+---忠慶
| 溝口氏(養子) 初代
+---政房--------政房・・・・・・・・・・・・・・・※細川家家臣・溝口氏
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+---昌行
因みに長行の先祖は、杵築藩→三河吉田藩→岩槻藩→遠江掛川藩→陸奥棚倉藩そして肥前唐津唐津藩へと、度々の転封をしている。