減給の制裁

従業員が遅刻を３回した場合に欠勤１日とし、その分の賃金を控除しても問題ないでしょうか？

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　問題が生じることがあります。
　労働しない分の賃金を支払わないだけであれば、ノーワーク・ノーペイの原則からなんらの問題も生じません。

　しかし、それを超えた分の賃金を控除する場合には、労働基準法の減給の制裁の規定が適用されます。
　この規定では、「1回の事案に対して減給額が1日分の半額以内、また一賃金支払期に発生した数事案に対する減給の総額がその支払期の賃金総額の10分の1以内でなければならない」としています。

　ご質問の場合、遅刻3回で1回の制裁事案が発生となるので、減給することができるのは1日分の半額までです。
　もし遅刻分の賃金の合計額が１日の賃金の半分に満たないのであれば、減給の限度である１日分の半額と遅刻分の賃金とを合わせても１日分の賃金には達しません。このような場合に一律１日分の賃金を控除するような規定は、労働基準法の減給の制裁の制限に抵触することになります。